PDB-2c39: RNase PH core of the archaeal exosome in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c39

タイトル

RNase PH core of the archaeal exosome in complex with ADP

要素

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

キーワード

HYDROLASE / EXOSOME / RNASE PH / RRP41 / RRP42 / PHOSPHOROLYTIC / EXORIBONUCLEASE / RNA DEGRADATION / ARCHAEAL / EXONUCLEASE / NUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic exosome (RNase complex) / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Lorentzen, E. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of 3' End RNA Recognition and Exoribonucleolytic Cleavage by an Exosome Rnase Ph Core.
著者: Lorentzen, E. / Conti, E.

履歴

登録	2005年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2c39.ent.gz	896 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2c39_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2c39_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	2c39_validation.xml.gz	121.2 KB	表示
CIF形式データ	2c39_validation.cif.gz	171.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c37C 2c38C 2br3S 2br2 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2br2-2 2br2-3 2br2-1 2c37-1 2c37-3 2c37-2 2c38-1 2br2-4 2c37-4 2c38-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (11)

登録構造単位

A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

C: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

D: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

E: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

F: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

G: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

H: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

J: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

K: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

L: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

M: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

N: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

O: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

P: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

Q: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

R: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

S: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

T: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

U: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

V: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

W: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

X: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

699 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

C: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

D: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

E: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

F: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

H: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

J: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

K: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

L: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

M: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

N: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

O: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

P: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

Q: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

R: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

S: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

T: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

U: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

V: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

W: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

X: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.200, 214.000, 432.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2 分子量: 30227.625 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1 分子量: 27612.936 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 50 MM MES, 2.4 M SODIUM MALONATE, PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.951
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→100 Å / Num. obs: 129777 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR3

2br3

解像度: 3.3→93.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.846 / SU B: 61.763 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.584 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	4015	3 %	RANDOM
R_work	0.274	-	-	-
obs	0.275	129777	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→93.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45538	0	276	0	45814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	46461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	2.001	63079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.919	5	5972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.173	24.626	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.688	15	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.94	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	7612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	33752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	19816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	31059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.279	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.376	1.5	30626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.652	2	48300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.831	3	17482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.49	4.5	14779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1726	tight positional	0.03	0.05
1	2	C	1726	tight positional	0.04	0.05
1	3	E	1726	tight positional	0.03	0.05
1	4	G	1726	tight positional	0.03	0.05
1	5	I	1726	tight positional	0.03	0.05
1	6	K	1726	tight positional	0.04	0.05
1	7	M	1726	tight positional	0.03	0.05
1	8	O	1726	tight positional	0.04	0.05
1	9	Q	1726	tight positional	0.03	0.05
1	10	S	1726	tight positional	0.04	0.05
1	11	U	1726	tight positional	0.03	0.05
1	12	W	1726	tight positional	0.03	0.05
2	1	B	1480	tight positional	0.03	0.05
2	2	D	1480	tight positional	0.04	0.05
2	3	F	1480	tight positional	0.03	0.05
2	4	H	1480	tight positional	0.03	0.05
2	5	J	1480	tight positional	0.03	0.05
2	6	L	1480	tight positional	0.04	0.05
2	7	N	1480	tight positional	0.03	0.05
2	8	P	1480	tight positional	0.04	0.05
2	9	R	1480	tight positional	0.04	0.05
2	10	T	1480	tight positional	0.04	0.05
2	11	V	1480	tight positional	0.04	0.05
2	12	X	1480	tight positional	0.03	0.05
3	1	D	61	tight positional	0.04	0.05
3	2	L	61	tight positional	0.04	0.05
3	3	P	61	tight positional	0.04	0.05
3	4	R	61	tight positional	0.03	0.05
3	5	T	61	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	1726	tight thermal	0.05	0.5
1	2	C	1726	tight thermal	0.05	0.5
1	3	E	1726	tight thermal	0.04	0.5
1	4	G	1726	tight thermal	0.05	0.5
1	5	I	1726	tight thermal	0.04	0.5
1	6	K	1726	tight thermal	0.05	0.5
1	7	M	1726	tight thermal	0.05	0.5
1	8	O	1726	tight thermal	0.06	0.5
1	9	Q	1726	tight thermal	0.05	0.5
1	10	S	1726	tight thermal	0.05	0.5
1	11	U	1726	tight thermal	0.04	0.5
1	12	W	1726	tight thermal	0.04	0.5
2	1	B	1480	tight thermal	0.04	0.5
2	2	D	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	3	F	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	4	H	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	5	J	1480	tight thermal	0.04	0.5
2	6	L	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	7	N	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	8	P	1480	tight thermal	0.06	0.5
2	9	R	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	10	T	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	11	V	1480	tight thermal	0.05	0.5
2	12	X	1480	tight thermal	0.04	0.5
3	1	D	61	tight thermal	0.06	0.5
3	2	L	61	tight thermal	0.04	0.5
3	3	P	61	tight thermal	0.06	0.5
3	4	R	61	tight thermal	0.04	0.5
3	5	T	61	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.359	294
R_work	0.344	9524

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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