PDB-2c37: RNASE PH CORE OF THE ARCHAEAL EXOSOME IN COMPLEX WITH U8 RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c37

タイトル

RNASE PH CORE OF THE ARCHAEAL EXOSOME IN COMPLEX WITH U8 RNA

要素

(PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / EXOSOME / RRP41 / RRP42 / EXORIBONUCLEASE / RNA DEGRADATION / ARCHAEAL

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic exosome (RNase complex) / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lorentzen, E. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of 3' End RNA Recognition and Exoribonucleolytic Cleavage by an Exosome Rnase Ph Core.
著者: Lorentzen, E. / Conti, E.

履歴

登録	2005年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2c37_full_validation.pdf.gz	6.3 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c37	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2c38C 2c39C 2br2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2br2-1 2br2-2 2c39-4 2br2-3 2c39-2 2c39-1 2c38-1 2br2-4 2c38-2 2c38-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (14) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

C: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

D: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

E: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

F: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

G: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

H: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

J: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

K: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

L: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

M: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

N: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

O: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

P: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

Q: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

R: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

S: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

T: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

U: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

V: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

W: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

X: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

703 kDa, 24 ポリマー
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1

A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

C: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

D: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

E: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

F: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
176 kDa, 6 ポリマー
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2

G: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

H: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

I: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

J: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

K: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

L: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
176 kDa, 6 ポリマー
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3

M: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

N: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

O: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

P: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

Q: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

R: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
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4

S: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

T: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

U: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

V: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

W: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

X: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
176 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	207.020, 212.940, 433.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 74	1 - 74
2	1	1	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 74	1 - 74
3	1	1	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 74	1 - 74
4	1	1	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 74	1 - 74
5	1	1	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 74	1 - 74
6	1	1	MET	MET	PRO	PRO	K	K	1 - 74	1 - 74
7	1	1	MET	MET	PRO	PRO	M	M	1 - 74	1 - 74
8	1	1	MET	MET	PRO	PRO	O	O	1 - 74	1 - 74
9	1	1	MET	MET	PRO	PRO	Q	Q	1 - 74	1 - 74
10	1	1	MET	MET	PRO	PRO	S	S	1 - 74	1 - 74
11	1	1	MET	MET	PRO	PRO	U	U	1 - 74	1 - 74
12	1	1	MET	MET	PRO	PRO	W	W	1 - 74	1 - 74
1	2	1	GLU	GLU	SER	SER	A	A	76 - 121	76 - 121
2	2	1	GLU	GLU	SER	SER	C	C	76 - 121	76 - 121
3	2	1	GLU	GLU	SER	SER	E	E	76 - 121	76 - 121
4	2	1	GLU	GLU	SER	SER	G	G	76 - 121	76 - 121
5	2	1	GLU	GLU	SER	SER	I	I	76 - 121	76 - 121
6	2	1	GLU	GLU	SER	SER	K	K	76 - 121	76 - 121
7	2	1	GLU	GLU	SER	SER	M	M	76 - 121	76 - 121
8	2	1	GLU	GLU	SER	SER	O	O	76 - 121	76 - 121
9	2	1	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	76 - 121	76 - 121
10	2	1	GLU	GLU	SER	SER	S	S	76 - 121	76 - 121
11	2	1	GLU	GLU	SER	SER	U	U	76 - 121	76 - 121
12	2	1	GLU	GLU	SER	SER	W	W	76 - 121	76 - 121
1	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	A	A	123 - 231	123 - 231
2	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	C	C	123 - 231	123 - 231
3	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	E	E	123 - 231	123 - 231
4	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	G	G	123 - 231	123 - 231
5	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	I	I	123 - 231	123 - 231
6	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	K	K	123 - 231	123 - 231
7	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	M	M	123 - 231	123 - 231
8	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	O	O	123 - 231	123 - 231
9	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	Q	Q	123 - 231	123 - 231
10	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	S	S	123 - 231	123 - 231
11	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	U	U	123 - 231	123 - 231
12	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	W	W	123 - 231	123 - 231
1	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	A	A	233 - 275	233 - 275
2	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	C	C	233 - 275	233 - 275
3	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	E	E	233 - 275	233 - 275
4	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	233 - 275	233 - 275
5	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	I	I	233 - 275	233 - 275
6	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	K	K	233 - 275	233 - 275
7	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	M	M	233 - 275	233 - 275
8	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	O	O	233 - 275	233 - 275
9	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	Q	Q	233 - 275	233 - 275
10	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	S	S	233 - 275	233 - 275
11	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	U	U	233 - 275	233 - 275
12	4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	W	W	233 - 275	233 - 275
1	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	B	B	18 - 182	18 - 182
2	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	D	D	18 - 182	18 - 182
3	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	F	F	18 - 182	18 - 182
4	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	H	H	18 - 182	18 - 182
5	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	J	J	18 - 182	18 - 182
6	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	L	L	18 - 182	18 - 182
7	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	N	N	18 - 182	18 - 182
8	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	P	P	18 - 182	18 - 182
9	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	R	R	18 - 182	18 - 182
10	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	T	T	18 - 182	18 - 182
11	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	V	V	18 - 182	18 - 182
12	1	2	LYS	LYS	ASP	ASP	X	X	18 - 182	18 - 182
1	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	B	B	184 - 248	184 - 248
2	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	D	D	184 - 248	184 - 248
3	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	F	F	184 - 248	184 - 248
4	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	H	H	184 - 248	184 - 248
5	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	J	J	184 - 248	184 - 248
6	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	L	L	184 - 248	184 - 248
7	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	N	N	184 - 248	184 - 248
8	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	P	P	184 - 248	184 - 248
9	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	R	R	184 - 248	184 - 248
10	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	T	T	184 - 248	184 - 248
11	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	V	V	184 - 248	184 - 248
12	2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	X	X	184 - 248	184 - 248
1	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	D	D	8 - 18	8 - 18
2	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	L	L	8 - 18	8 - 18
3	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	P	P	8 - 18	8 - 18
4	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	R	R	8 - 18	8 - 18
5	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	T	T	8 - 18	8 - 18

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ... , 2種, 24分子 ACEGIKMOQSUWBDFHJLNPRTVX

#1: タンパク質	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2 分子量: 30227.625 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1 分子量: 27612.936 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

#1: タンパク質

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

分子量: 30227.625 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

#2: タンパク質

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

分子量: 27612.936 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖

ChemComp-RP5 / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / β-D-リボフラノ-ス5-りん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁O₈P

-
非ポリマー , 3種, 38分子

#3: 化合物	... ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP 分子量: 324.181 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 50 MM MES, 2.4 M SODIUM MALONATE, PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.951
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 211093 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR2

2br2

解像度: 2.8→93.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 39.895 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.031 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	6530	3 %	RANDOM
R_work	0.266	-	-	-
obs	0.267	211093	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→93.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46133	0	437	0	46570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	47224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	2.007	64091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.034	5	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.443	24.921	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.47	15	8470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.312	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	7713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	34335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	20487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	31853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.274	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.304	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.362	1.5	30135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.72	2	48606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.079	3	17458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.965	4.5	15485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1897	tight positional	0.03	0.05
1	2	C	1897	tight positional	0.04	0.05
1	3	E	1897	tight positional	0.03	0.05
1	4	G	1897	tight positional	0.03	0.05
1	5	I	1897	tight positional	0.03	0.05
1	6	K	1897	tight positional	0.04	0.05
1	7	M	1897	tight positional	0.03	0.05
1	8	O	1897	tight positional	0.04	0.05
1	9	Q	1897	tight positional	0.04	0.05
1	10	S	1897	tight positional	0.04	0.05
1	11	U	1897	tight positional	0.04	0.05
1	12	W	1897	tight positional	0.04	0.05
2	1	B	1753	tight positional	0.03	0.05
2	2	D	1753	tight positional	0.04	0.05
2	3	F	1753	tight positional	0.04	0.05
2	4	H	1753	tight positional	0.03	0.05
2	5	J	1753	tight positional	0.03	0.05
2	6	L	1753	tight positional	0.04	0.05
2	7	N	1753	tight positional	0.04	0.05
2	8	P	1753	tight positional	0.04	0.05
2	9	R	1753	tight positional	0.04	0.05
2	10	T	1753	tight positional	0.04	0.05
2	11	V	1753	tight positional	0.03	0.05
2	12	X	1753	tight positional	0.03	0.05
3	1	D	69	tight positional	0.04	0.05
3	2	L	69	tight positional	0.04	0.05
3	3	P	69	tight positional	0.06	0.05
3	4	R	69	tight positional	0.04	0.05
3	5	T	69	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	1897	tight thermal	0.05	0.5
1	2	C	1897	tight thermal	0.06	0.5
1	3	E	1897	tight thermal	0.05	0.5
1	4	G	1897	tight thermal	0.05	0.5
1	5	I	1897	tight thermal	0.05	0.5
1	6	K	1897	tight thermal	0.06	0.5
1	7	M	1897	tight thermal	0.06	0.5
1	8	O	1897	tight thermal	0.06	0.5
1	9	Q	1897	tight thermal	0.06	0.5
1	10	S	1897	tight thermal	0.06	0.5
1	11	U	1897	tight thermal	0.06	0.5
1	12	W	1897	tight thermal	0.06	0.5
2	1	B	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	2	D	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	3	F	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	4	H	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	5	J	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	6	L	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	7	N	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	8	P	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	9	R	1753	tight thermal	0.07	0.5
2	10	T	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	11	V	1753	tight thermal	0.06	0.5
2	12	X	1753	tight thermal	0.06	0.5
3	1	D	69	tight thermal	0.06	0.5
3	2	L	69	tight thermal	0.05	0.5
3	3	P	69	tight thermal	0.07	0.5
3	4	R	69	tight thermal	0.05	0.5
3	5	T	69	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.383	426
R_work	0.357	13746

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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