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万見
- PDB-2c2h: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN RAC3 IN COMPLEX WITH GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c2h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN RAC3 IN COMPLEX WITH GDP
要素RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPASE RAC3 / SMALL GTP BINDING PROTEIN / P21 RAC / RAS- RELATED C3 BUTULINUM TOXIN SUBSTRATE 3
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic actin cytoskeleton organization / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / regulation of neuron maturation / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway ...postsynaptic actin cytoskeleton organization / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / regulation of neuron maturation / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neuromuscular process controlling balance / synaptic transmission, GABAergic / filamentous actin / establishment or maintenance of cell polarity / Rac protein signal transduction / regulation of postsynapse assembly / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / endomembrane system / homeostasis of number of cells within a tissue / actin filament organization / small monomeric GTPase / cell periphery / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / Wnt signaling pathway / calcium-dependent protein binding / regulation of cell shape / lamellipodium / G protein activity / growth cone / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / postsynapse / neuron projection / intracellular signal transduction / neuronal cell body / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. ...Debreczeni, J.E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Doyle, D. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Rac3 in Complex with Gdp
著者: Debreczeni, J.E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Doyle, D. / Sundstrom, M. / ...著者: Debreczeni, J.E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Doyle, D. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 3
B: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,69532
ポリマ－42,7202
非ポリマー4,97630
水2,990166
1
A: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,08117
ポリマ－21,3601
非ポリマー2,72216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,61415
ポリマ－21,3601
非ポリマー2,25414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.320, 110.320, 81.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1187-

CA

21B-1186-

CA

31A-2097-

HOH

41A-2104-

HOH

51A-2105-

HOH

61B-2057-

HOH

71B-2059-

HOH

81B-2060-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 177 / Label seq-ID: 3 - 177

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.16319, 0.9865, 0.0136), (0.98658, -0.16325, 0.00333), (0.00551, 0.01287, -0.9999)
ベクター: 54.62536, -32.00429, 89.00022)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 3 / GTPASE RAC3 / P21-RAC3


分子量: 21359.770 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60763

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 178 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 178 TO GLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 30% MPD, 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0038
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→27.07 Å / Num. obs: 28734 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.24 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.99
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G4U

1g4u


解像度: 1.85→62.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.301 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1461 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.195 27267 90.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→62.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2548 0 289 166 3003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7732.0934052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8435859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.595344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04723.54893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.63515403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.6211513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.22607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.21401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21628
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6561.51754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04622758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68431445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4284.51289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
978medium positional0.110.5
1396loose positional0.315
978medium thermal0.62
1396loose thermal0.9810
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.34 109
Rwork0.291 1988
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5823-1.0786-0.60732.48180.57612.0716-0.00890.1193-0.0066-0.0102-0.0385-0.04070.0933-0.03360.0474-0.08490.00380.0049-0.08260.0211-0.10313.7864-19.103332.5224
22.413-0.8352-0.35172.32270.12681.79240.04440.00620.3054-0.0033-0.05790.1854-0.0635-0.07380.01360.0095-0.0219-0.035-0.00880.01920.046238.4781-15.046956.5043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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