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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c2f | ||||||
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タイトル | Dps from Deinococcus radiodurans | ||||||
要素 | DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DPS / IRON / DEINOCOCCUS RADIODURANS / DNA-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.61 Å | ||||||
データ登録者 | Romao, C.V. / Mitchell, E. / McSweeney, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2006 タイトル: The Crystal Structure of Deinococcus Radiodurans Dps Protein (Dr2263) Reveals the Presence of a Novel Metal Centre in the N Terminus. 著者: Romao, C.V. / Mitchell, E. / Mcsweeney, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c2f.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c2f.ent.gz | 42.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c2f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2c2f_validation.pdf.gz | 440.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2c2f_full_validation.pdf.gz | 441.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2c2f_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2c2f_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c2f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23050.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) 株: R1 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RS64 |
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-非ポリマー , 5種, 286分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % 解説: DATA WERE COLLECTED REMOTE TO THE ANOMALOUS ABSORPTION EDGES OF ZN AND FE. |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 200MM LITHIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL PH8.5, 15% PEG4000, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月23日 / 詳細: MULTI-LAYER MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→31.91 Å / Num. obs: 32579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 56.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 84.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.61→64.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.93 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE OCCUPANIES OF ATOMS HAVING OCCUPANCIES LOWER THAN 1 WERE ESTIMATED FROM THEIR ATOMIC B-FACTORS. THE FIRST 29 AMINO ACID RESIDUES WERE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE OCCUPANIES OF ATOMS HAVING OCCUPANCIES LOWER THAN 1 WERE ESTIMATED FROM THEIR ATOMIC B-FACTORS. THE FIRST 29 AMINO ACID RESIDUES WERE NOT MODELLED BECAUSE IT WAS NOT POSSIBLE TO ALLOCATE THE ELECTRON DENSITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→64.02 Å
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拘束条件 |
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