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- PDB-2bzy: Homodimer of CrkL-SH3C domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bzy
タイトルHomodimer of CrkL-SH3C domain
要素CRK-LIKE PROTEIN
キーワードSH3 DOMAIN (SH3ドメイン) / CRK-LIKE / CRKL / DIMER / NUCLEAR EXPORT (核外搬出シグナル)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glial cell migration / chordate pharynx development / extrinsic component of postsynaptic membrane / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / postsynaptic specialization assembly / urogenital system development / parathyroid gland development / regulation of T cell migration / reelin-mediated signaling pathway ...positive regulation of glial cell migration / chordate pharynx development / extrinsic component of postsynaptic membrane / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / postsynaptic specialization assembly / urogenital system development / parathyroid gland development / regulation of T cell migration / reelin-mediated signaling pathway / endothelin receptor signaling pathway / regulation of dendrite development / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / cranial skeletal system development / B cell apoptotic process / MET receptor recycling / cellular response to interleukin-7 / MET activates RAP1 and RAC1 / acetylcholine receptor signaling pathway / anterior/posterior pattern specification / establishment of cell polarity / Frs2-mediated activation / blood vessel development / dendrite development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / single fertilization / retinoic acid receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / signaling adaptor activity / Erythropoietin activates RAS / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / JNK cascade / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / cell chemotaxis / thymus development / negative regulation of protein phosphorylation / Regulation of signaling by CBL / regulation of cell growth / hippocampus development / neuron migration / neuromuscular junction / lipid metabolic process / receptor tyrosine kinase binding / cerebral cortex development / male gonad development / 遊走 / cellular response to xenobiotic stimulus / T cell receptor signaling pathway / 精子形成 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / protein-containing complex / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH3 type barrels. ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Harkiolaki, M. / Gilbert, R.J. / Jones, E.Y. / Feller, S.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The C-Terminal SH3 Domain of Crkl as a Dynamic Dimerization Module Transiently Exposing a Nuclear Export Signal.
著者: Harkiolaki, M. / Gilbert, R.J. / Jones, E.Y. / Feller, S.M.
履歴
登録2005年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRK-LIKE PROTEIN
B: CRK-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1032
ポリマ－15,1032
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.317, 71.317, 146.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.699, -0.533, 0.476), (-0.565, 0.006, -0.825), (0.437, -0.846, -0.306)
ベクター: 39.36, 64.339, 50.954)

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要素

#1: タンパク質 CRK-LIKE PROTEIN / CRKL SH3C


分子量: 7551.613 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 DOMAIN, RESIDUES 237-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP1 / 参照: UniProt: P46109
構成要素の詳細POSSIBLE MEDIATION IN TRANSDUCTION OF INTRACELLULAR SIGNALS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.42 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.01 M MGCL2, 5% W/V PEG 8000, 0.2 M KCL2, 0.05 M MES PH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月27日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 8176 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 16.74
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 28.2 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BZX

2bzx


解像度: 2.5→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 420 5.2 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.263 8123 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.854 Å2-4.963 Å20 Å2
2---3.854 Å20 Å2
3---7.709 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数982 0 0 0 982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.83
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.3963
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.9244
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.84
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.4435
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4421 48 4.9 %
Rwork0.4297 913 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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