PDB-2bx9: Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bx9

タイトル

Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions

要素

TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION / ANTI-TRAP

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Anti-Trap Protein, an Antagonist of Trap/RNA Interaction.
著者: Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

履歴

登録	2005年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bx9.cif.gz	134.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bx9.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bx9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bx9_validation.pdf.gz	515.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bx9_full_validation.pdf.gz	539.6 KB	表示
XML形式データ	2bx9_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	2bx9_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/2bx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/2bx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lcz-1 5v7l-1 1hei-d 4ojq-d 4oks-d 4ok6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

B: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

C: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

D: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

E: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

F: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

G: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

H: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

I: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

J: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

K: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

L: TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

ヘテロ分子

68.7 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.552, 60.125, 60.348
Angle α, β, γ (deg.)	113.99, 101.37, 100.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	A	A	2 - 12	2 - 12
2	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	B	B	2 - 12	2 - 12
3	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	C	C	2 - 12	2 - 12
4	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	D	D	2 - 12	2 - 12
5	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	E	E	2 - 12	2 - 12
6	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	F	F	2 - 12	2 - 12
7	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	G	G	2 - 12	2 - 12
8	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	H	H	2 - 12	2 - 12
9	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	I	I	2 - 12	2 - 12
10	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	J	J	2 - 12	2 - 12
11	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	K	K	2 - 12	2 - 12
12	1	VAL	VAL	CYS	CYS	3	L	L	2 - 12	2 - 12
1	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	A	A	13 - 32	13 - 32
2	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	B	B	13 - 32	13 - 32
3	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	C	C	13 - 32	13 - 32
4	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	D	D	13 - 32	13 - 32
5	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	E	E	13 - 32	13 - 32
6	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	F	F	13 - 32	13 - 32
7	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	G	G	13 - 32	13 - 32
8	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	H	H	13 - 32	13 - 32
9	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	I	I	13 - 32	13 - 32
10	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	J	J	13 - 32	13 - 32
11	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	K	K	13 - 32	13 - 32
12	2	PRO	PRO	LYS	LYS	2	L	L	13 - 32	13 - 32
1	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	A	A	33 - 52	33 - 52
2	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	B	B	33 - 52	33 - 52
3	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	C	C	33 - 52	33 - 52
4	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	D	D	33 - 52	33 - 52
5	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	E	E	33 - 52	33 - 52
6	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	F	F	33 - 52	33 - 52
7	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	G	G	33 - 52	33 - 52
8	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	H	H	33 - 52	33 - 52
9	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	I	I	33 - 52	33 - 52
10	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	J	J	33 - 52	33 - 52
11	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	K	K	33 - 52	33 - 52
12	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	L	L	33 - 52	33 - 52

#1: タンパク質	TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN / ANTI-TRAP / AT 分子量: 5655.565 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PET17AT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: O31466
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: CONDITIONS: 21-23 % (W/V) POLY(ETHYLENE) GLYCOL 5000 MONMETHYL ETHER; 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5; 50 MM MAGNESIUM ACETATE CRYOSOLUTION: 16 % GLYCEROL (V/V) WITH HIGHER CONCENTRATION OF POLY(ETHYLENE) GLYCOL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SRS

/ ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87, 1.28258

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月27日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.87	1
2	1.28258	1

反射

解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 14370 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0013	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.85 / SU B: 41.427 / SU ML: 0.396 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	724	5 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.197	13637	94.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.28 Å²	-0.07 Å²	0.48 Å²
2-	-	0.68 Å²	0.59 Å²
3-	-	-	-2.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4692	0	12	130	4834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.369	1.989	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.14	5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.53	26.433	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.124	15	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.978	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	3244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.062	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.043	2	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.752	3	5055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.893	6	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.986	10	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	204	tight positional	0.35	0.2
2	B	204	tight positional	0.39	0.2
3	C	204	tight positional	0.27	0.2
4	D	204	tight positional	0.64	0.2
5	E	204	tight positional	0.48	0.2
6	F	204	tight positional	0.75	0.2
7	G	204	tight positional	0.43	0.2
8	H	204	tight positional	0.79	0.2
9	I	204	tight positional	0.85	0.2
10	J	204	tight positional	0.4	0.2
11	K	204	tight positional	0.27	0.2
12	L	204	tight positional	0.27	0.2
1	A	58	medium positional	1.44	2
2	B	58	medium positional	1.13	2
3	C	58	medium positional	1.19	2
4	D	58	medium positional	1.67	2
5	E	58	medium positional	1.04	2
6	F	58	medium positional	1.84	2
7	G	58	medium positional	1.18	2
8	H	58	medium positional	1.86	2
9	I	58	medium positional	1.93	2
10	J	58	medium positional	1.54	2
11	K	58	medium positional	0.88	2
12	L	58	medium positional	1.31	2
1	A	102	loose positional	0.61	0.5
2	B	102	loose positional	0.74	0.5
3	C	102	loose positional	0.58	0.5
4	D	102	loose positional	0.69	0.5
5	E	102	loose positional	0.62	0.5
6	F	102	loose positional	1.08	0.5
7	G	102	loose positional	0.77	0.5
8	H	102	loose positional	0.99	0.5
9	I	102	loose positional	1.09	0.5
10	J	102	loose positional	0.74	0.5
11	K	102	loose positional	0.64	0.5
12	L	102	loose positional	0.6	0.5
1	A	204	tight thermal	0.48	2
2	B	204	tight thermal	0.39	2
3	C	204	tight thermal	0.42	2
4	D	204	tight thermal	0.6	2
5	E	204	tight thermal	0.52	2
6	F	204	tight thermal	0.57	2
7	G	204	tight thermal	0.57	2
8	H	204	tight thermal	0.49	2
9	I	204	tight thermal	0.64	2
10	J	204	tight thermal	0.42	2
11	K	204	tight thermal	0.61	2
12	L	204	tight thermal	0.44	2
1	A	58	medium thermal	3.19	10
2	B	58	medium thermal	2.45	10
3	C	58	medium thermal	2.19	10
4	D	58	medium thermal	3.92	10
5	E	58	medium thermal	2.73	10
6	F	58	medium thermal	2.62	10
7	G	58	medium thermal	3.77	10
8	H	58	medium thermal	2.7	10
9	I	58	medium thermal	3.54	10
10	J	58	medium thermal	2.07	10
11	K	58	medium thermal	3.89	10
12	L	58	medium thermal	1.88	10
1	A	102	loose thermal	4.12	10
2	B	102	loose thermal	3.86	10
3	C	102	loose thermal	3.35	10
4	D	102	loose thermal	2.83	10
5	E	102	loose thermal	3.89	10
6	F	102	loose thermal	3.65	10
7	G	102	loose thermal	3.73	10
8	H	102	loose thermal	3.08	10
9	I	102	loose thermal	3.64	10
10	J	102	loose thermal	2.95	10
11	K	102	loose thermal	3.39	10
12	L	102	loose thermal	3.44	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.95 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.404	99	-
R_work	0.253	1792	-
obs	-	-	87.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1959	0.3117	3.2272	8.5286	-4.9976	16.578	0.0824	-0.4524	-0.2812	-0.2844	0.2591	-0.4	-0.0426	0.7134	-0.3416	-0.3109	-0.0468	0.0416	-0.0967	0.0021	-0.0326	22.3827	28.0229	29.5824
2	18.8892	3.1639	-11.1944	23.9297	-4.6376	17.0143	0.1867	0.3699	-0.6912	-1.8703	-0.806	-1.5815	0.6106	0.8641	0.6192	-0.0697	-0.0008	0.2011	0.0045	0.09	-0.0774	26.4516	36.6039	12.211
3	4.7968	-2.2956	-3.257	9.7665	4.0146	14.8156	-0.2509	0.4028	0.5335	0.324	0.1978	-0.9286	-0.0583	0.3518	0.0531	-0.3402	-0.0052	0.0588	-0.0082	0.0562	-0.0575	22.7634	21.8061	36.1214
4	21.0447	9.4112	11.6749	8.1196	1.8429	13.9522	0.9429	-0.5748	0.2509	0.7149	-0.1788	-1.6522	-1.7397	2.3538	-0.7641	0.1556	-0.3494	-0.058	0.4705	-0.2026	0.1783	27.4624	31.6817	51.6252
5	3.0786	0.3221	1.4201	11.9517	-0.8702	10.8228	-0.483	-0.2263	-0.1316	-0.016	0.3609	-1.0777	0.3375	0.6769	0.1221	-0.3171	0.0612	0.0699	-0.0491	-0.0115	-0.0942	22.2537	19.6798	27.2334
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11	8.5972	4.9468	3.7916	11.1389	3.1853	11.8141	0.0907	-0.4956	0.1733	0.4687	-0.145	0.0802	-0.0595	-0.1645	0.0543	-0.3208	0.1013	0.0779	-0.2887	-0.0356	-0.3697	-0.6828	21.15	47.5956
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17	14.2754	-0.0245	3.0504	4.5428	0.2063	10.7431	0.0025	-0.0675	0.3448	-0.5937	0.3051	0.2113	-0.6873	0.3512	-0.3076	-0.1007	-0.0899	-0.0091	-0.2261	0.1098	-0.2065	4.3122	35.0583	18.0846
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19	11.1508	3.2881	-2.1724	9.0078	-1.3176	7.7455	-0.0963	0.6359	-0.0917	-0.4161	0.1488	-0.0044	0.7951	0.0662	-0.0525	-0.0557	-0.0569	-0.0068	-0.2935	-0.0172	-0.2764	3.6201	5.6196	27.2723
20	10.5002	-13.0242	-5.4295	19.9692	9.9435	15.2352	1.0005	1.36	-0.1301	-1.6839	-1.3308	-0.2768	1.9012	0.0759	0.3303	0.4366	0.0758	0.1976	0.3188	-0.0877	0.0634	18.7705	-1.802	16.8218
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22	9.4022	4.4138	-3.1404	14.6532	-3.6899	6.8367	-0.4094	-0.2775	-0.3503	-0.0101	0.4187	0.3055	1.0821	-0.0805	-0.0092	-0.1439	0.1132	0.0803	-0.2737	-0.0235	-0.1893	-9.0413	-1.6661	45.7213
23	10.6317	-6.8164	1.9707	12.4038	-7.4089	11.0656	-0.2379	0.4074	-0.7287	0.0433	-0.0639	0.9829	-0.0111	0.2253	0.3018	-0.0993	-0.1892	0.0259	-0.3135	-0.0218	-0.2744	-1.0454	9.6616	20.8789
24	70.5193	13.9202	27.2293	30.4576	-6.3151	15.4457	-0.3035	2.9482	-1.5399	-0.6792	2.9894	3.9711	1.1429	-1.5405	-2.6859	0.0162	-0.3131	-0.2431	0.4934	0.2493	0.5383	-15.3062	14.645	12.456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	36 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	10 - 35
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 9
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	36 - 53
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	10 - 35
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 9
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	36 - 53
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	10 - 35
13	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1 - 9
14	X-RAY DIFFRACTION	9	E	36 - 53
15	X-RAY DIFFRACTION	10	E	10 - 35
16	X-RAY DIFFRACTION	11	F	1 - 9
17	X-RAY DIFFRACTION	11	F	36 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	12	F	10 - 35
19	X-RAY DIFFRACTION	13	G	1 - 9
20	X-RAY DIFFRACTION	13	G	36 - 53
21	X-RAY DIFFRACTION	14	G	10 - 35
22	X-RAY DIFFRACTION	15	H	1 - 9
23	X-RAY DIFFRACTION	15	H	36 - 53
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25	X-RAY DIFFRACTION	17	I	1 - 9
26	X-RAY DIFFRACTION	17	I	36 - 53
27	X-RAY DIFFRACTION	18	I	10 - 35
28	X-RAY DIFFRACTION	19	J	1 - 9
29	X-RAY DIFFRACTION	19	J	36 - 53
30	X-RAY DIFFRACTION	20	J	10 - 35
31	X-RAY DIFFRACTION	21	K	1 - 9
32	X-RAY DIFFRACTION	21	K	36 - 53
33	X-RAY DIFFRACTION	22	K	10 - 35
34	X-RAY DIFFRACTION	23	L	1 - 9
35	X-RAY DIFFRACTION	23	L	36 - 53
36	X-RAY DIFFRACTION	24	L	10 - 35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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