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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bx9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions | ||||||
要素 | TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATION / ANTI-TRAP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005 タイトル: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Anti-Trap Protein, an Antagonist of Trap/RNA Interaction. 著者: Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bx9.cif.gz | 130.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bx9.ent.gz | 111.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bx9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/2bx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/2bx9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5655.565 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PET17AT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: O31466 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: CONDITIONS: 21-23 % (W/V) POLY(ETHYLENE) GLYCOL 5000 MONMETHYL ETHER; 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5; 50 MM MAGNESIUM ACETATE CRYOSOLUTION: 16 % GLYCEROL (V/V) WITH HIGHER CONCENTRATION OF POLY(ETHYLENE) GLYCOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87, 1.28258 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月27日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 14370 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 41.427 / SU ML: 0.396 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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