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Yorodumi- PDB-2bx9: Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2bx9 | ||||||
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Title | Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions | ||||||
Components | TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATION / ANTI-TRAP | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | BACILLUS SUBTILIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2005 Title: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Anti-Trap Protein, an Antagonist of Trap/RNA Interaction. Authors: Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2bx9.cif.gz | 130.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2bx9.ent.gz | 111.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2bx9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/2bx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/2bx9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 5655.565 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) BACILLUS SUBTILIS (bacteria) / Plasmid: PET17AT / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA / References: UniProt: O31466 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48 % |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: CONDITIONS: 21-23 % (W/V) POLY(ETHYLENE) GLYCOL 5000 MONMETHYL ETHER; 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5; 50 MM MAGNESIUM ACETATE CRYOSOLUTION: 16 % GLYCEROL (V/V) WITH HIGHER CONCENTRATION OF POLY(ETHYLENE) GLYCOL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX9.6 / Wavelength: 0.87, 1.28258 | |||||||||
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2003 | |||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.8→20 Å / Num. obs: 14370 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 83 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 41.427 / SU ML: 0.396 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.513 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.31 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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