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- PDB-2bwq: Crystal Structure of the RIM2 C2A-domain at 1.4 angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bwq
タイトルCrystal Structure of the RIM2 C2A-domain at 1.4 angstrom Resolution
要素REGULATING SYNAPTIC MEMBRANE EXOCYTOSIS PROTEIN 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / C2 DOMAIN / NEUROTRANSMITTER RELEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / structural constituent of presynaptic active zone / maintenance of presynaptic active zone structure / cytoskeleton of presynaptic active zone / spontaneous neurotransmitter secretion / synaptic vesicle docking / inhibitory synapse / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / presynaptic active zone cytoplasmic component / photoreceptor ribbon synapse ...regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / structural constituent of presynaptic active zone / maintenance of presynaptic active zone structure / cytoskeleton of presynaptic active zone / spontaneous neurotransmitter secretion / synaptic vesicle docking / inhibitory synapse / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / presynaptic active zone cytoplasmic component / photoreceptor ribbon synapse / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / regulation of exocytosis / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / neurotransmitter secretion / insulin secretion / synaptic vesicle priming / regulation of synaptic vesicle exocytosis / exocytosis / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / GABA-ergic synapse / positive regulation of synaptic transmission / cell projection / establishment of localization in cell / regulation of membrane potential / intracellular protein transport / regulation of synaptic plasticity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / small GTPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / cell differentiation / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rim-like / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Rim-like / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Dai, H. / Tomchick, D.R. / Garcia, J. / Sudhof, T.C. / Machius, M. / Rizo, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Rim2 C(2)A-Domain at 1.4 A Resolution.
著者: Dai, H. / Tomchick, D.R. / Garcia, J. / Sudhof, T.C. / Machius, M. / Rizo, J.
履歴
登録2005年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATING SYNAPTIC MEMBRANE EXOCYTOSIS PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7733
ポリマ－15,5811
非ポリマー1922
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)25.455, 44.807, 55.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 REGULATING SYNAPTIC MEMBRANE EXOCYTOSIS PROTEIN 2 / RAB3-INTERACTING MOLECULE / 2RIM2 C2A DOMAIN


分子量: 15580.859 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 DOMAIN, RESIDUES 725-853 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9JIS1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: RAT RIM2 C2A-DOMAIN (RESIDUES 722-859) DISSOLVED IN 20 MM MES (PH 6.0), 150 MM NACL AND 1 MM EDTA WAS CONCENTRATED TO 25 MG/ML AND CRYSTALLIZED IN 17.5% (W/V) PEG 4000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M ...詳細: RAT RIM2 C2A-DOMAIN (RESIDUES 722-859) DISSOLVED IN 20 MM MES (PH 6.0), 150 MM NACL AND 1 MM EDTA WAS CONCENTRATED TO 25 MG/ML AND CRYSTALLIZED IN 17.5% (W/V) PEG 4000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM ACETATE (PH 4.5) AT 20 DEGREES C USING THE HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD. CRYSTALS APPEARED OVERNIGHT AND GREW TO A FINAL SIZE OF 0.05 X 0.05 X 0.1 MM WITHIN TWO DAYS. PRIOR TO DATA COLLECTION, CRYSTALS WERE TRANSFERRED INTO A SOLUTION OF 20% (W/V) PEG 4000, 0.15M NACL, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM ACETATE (PH 4.5) AND 15% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, AND THEN FLASH-COOLED IN LIQUID PROPANE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00691
検出器タイプ: CUSTOM / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00691 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→20.91 Å / Num. obs: 23283 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 52.9
反射 シェル解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V27

1v27


解像度: 1.41→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.046 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1383 5.9 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 21884 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20.12 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1041 0 10 110 1161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221161
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.9621581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8385136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43323.15857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8215218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4391510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.2765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.441.5679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14721090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2793550
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9074.5491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.286 91
Rwork0.225 1529
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0173 Å / Origin y: -0.0973 Å / Origin z: 12.5825 Å
111213212223313233
T-0.0276 Å2-0.0037 Å2-0.0029 Å2--0.0377 Å20.0027 Å2---0.0252 Å2
L0.9361 °2-0.0319 °2-0.3179 °2-0.6428 °2-0.2647 °2--1.1983 °2
S0.0049 Å °0.0521 Å °-0.0541 Å °-0.0824 Å °-0.0061 Å °0.0008 Å °0.0113 Å °0.0564 Å °0.0011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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