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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bwl | ||||||
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タイトル | Murine angiogenin, phosphate complex | ||||||
要素 | ANGIOGENIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / ANGIOGENESIS (血管新生) / CANCER (悪性腫瘍) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA destabilization / tRNA-specific ribonuclease activity / activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / Adherens junctions interactions / response to yeast / antifungal humoral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / rRNA transcription ...tRNA destabilization / tRNA-specific ribonuclease activity / activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / Adherens junctions interactions / response to yeast / antifungal humoral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / rRNA transcription / : / 基底膜 / RNA nuclease activity / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / response to hormone / central nervous system development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / 遊走 / マイクロフィラメント / 染色体 / heparin binding / actin binding / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / antibacterial humoral response / endonuclease activity / 血管新生 / negative regulation of translation / 細胞分化 / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / signaling receptor binding / 自然免疫系 / neuronal cell body / 核小体 / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular region / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Holloway, D.E. / Chavali, G.B. / Hares, M.C. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Structure of Murine Angiogenin: Features of the Substrate- and Cell-Binding Regions and Prospects for Inhibitor-Binding Studies. 著者: Holloway, D.E. / Chavali, G.B. / Hares, M.C. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bwl.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bwl.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bwl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/2bwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/2bwl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13792.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / プラスミド: PMANG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P21570, EC: 3.1.27.5 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 5.2 / 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M SODIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 5.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月9日 |
放射 | モノクロメーター: DARESBURY / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 16648 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 61.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AGI 解像度: 1.62→42.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.057 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→42.33 Å
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拘束条件 |
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