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万見
- PDB-2bti: Structure-function studies of the RmsA CsrA post-transcriptional ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bti
タイトルStructure-function studies of the RmsA CsrA post-transcriptional global regulator protein family reveals a class of RNA-binding structure
要素CARBON STORAGE REGULATOR HOMOLOG
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RMSA / CSRA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Translational regulator CsrA
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Heeb, S. / Kuehne, S.A. / Bycroft, M. / Crivii, S. / Allen, M.D. / Haas, D. / Camara, M. / Williams, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Functional Analysis of the Post-Transcriptional Regulator Rsma Reveals a Novel RNA-Binding Site.
著者: Heeb, S. / Kuehne, S.A. / Bycroft, M. / Crivii, S. / Allen, M.D. / Haas, D. / Camara, M. / Williams, P.
履歴
登録2005年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBON STORAGE REGULATOR HOMOLOG
B: CARBON STORAGE REGULATOR HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3274
ポリマ－14,1722
非ポリマー1552
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.573, 37.573, 186.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 CARBON STORAGE REGULATOR HOMOLOG


分子量: 7085.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A1JK11*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE GENOMIC SEQUENCE FOR THIS ORGANISM ARE NOT YET PUBLISHED OR IN THE NCBI DATABASES, BUT CAN BE ...THE GENOMIC SEQUENCE FOR THIS ORGANISM ARE NOT YET PUBLISHED OR IN THE NCBI DATABASES, BUT CAN BE RETRIEVED FROM THE SANGER INSTITUTE. HTTP://WWW.SANGER.AC.UK/PROJECTS/Y_ENTEROCOLITICA/

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.16M AMMONIUM SULPHATE, 0.08M SODIUM ACETATE PH 4.6, 20% PEG 4000, 20% GLYCEROL, 10 MG/ML PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→26.5 Å / Num. obs: 9675 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→100 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4.6
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 497 5.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 9632 98.1 %-
溶媒の処理Bsol: 48.383 Å2 / ksol: 0.383018 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.674 Å20 Å20 Å2
2---5.674 Å20 Å2
3---11.348 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 9 44 948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.457
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.1 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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