PDB-2br2: RNase PH core of the archaeal exosome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2br2

タイトル

RNase PH core of the archaeal exosome

要素

EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

キーワード

HYDROLASE / EXOSOME / RNASE PH / PHOSPHOROLYTIC / EXORIBONUCLEASE / RNA DEGRADATION / ARCHAEAL

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic exosome (RNase complex) / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

lorentzen, E. / Fribourg, S. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Archaeal Exosome Core is a Hexameric Ring Structure with Three Catalytic Subunits.
著者: Lorentzen, E. / Walter, P. / Fribourg, S. / Evguenieva-Hackenberg, E. / Klug, G. / Conti, E.

履歴

登録	2005年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2br2.ent.gz	903.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/2br2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/2br2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oyrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c37-1 2c39-4 2c39-1 2c39-2 2c38-1 2c37-3 2c37-4 2c38-2 2c38-4 2c37-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (11)

登録構造単位

A: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

B: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

C: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

D: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

E: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

F: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

G: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

H: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

I: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

J: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

K: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

L: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

M: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

N: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

O: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

P: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

Q: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

R: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

S: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

T: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

U: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

V: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

W: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

X: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

695 kDa, 24 ポリマー
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1

A: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

B: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

C: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

D: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

E: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

F: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 6 ポリマー
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2

G: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

H: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

I: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

J: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

K: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

L: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

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174 kDa, 6 ポリマー
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3

M: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

N: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

O: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

P: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

Q: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

R: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 6 ポリマー
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4

S: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

T: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

U: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

V: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

W: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

X: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

ヘテロ分子

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174 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	206.880, 212.720, 434.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 74	1 - 74
2	1	1	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 74	1 - 74
3	1	1	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 74	1 - 74
4	1	1	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 74	1 - 74
5	1	1	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 74	1 - 74
6	1	1	MET	MET	PRO	PRO	K	K	1 - 74	1 - 74
7	1	1	MET	MET	PRO	PRO	M	M	1 - 74	1 - 74
8	1	1	MET	MET	PRO	PRO	O	O	1 - 74	1 - 74
9	1	1	MET	MET	PRO	PRO	Q	Q	1 - 74	1 - 74
10	1	1	MET	MET	PRO	PRO	S	S	1 - 74	1 - 74
11	1	1	MET	MET	PRO	PRO	U	U	1 - 74	1 - 74
12	1	1	MET	MET	PRO	PRO	W	W	1 - 74	1 - 74
1	2	1	GLY	GLY	SER	SER	A	A	82 - 121	82 - 121
2	2	1	GLY	GLY	SER	SER	C	C	82 - 121	82 - 121
3	2	1	GLY	GLY	SER	SER	E	E	82 - 121	82 - 121
4	2	1	GLY	GLY	SER	SER	G	G	82 - 121	82 - 121
5	2	1	GLY	GLY	SER	SER	I	I	82 - 121	82 - 121
6	2	1	GLY	GLY	SER	SER	K	K	82 - 121	82 - 121
7	2	1	GLY	GLY	SER	SER	M	M	82 - 121	82 - 121
8	2	1	GLY	GLY	SER	SER	O	O	82 - 121	82 - 121
9	2	1	GLY	GLY	SER	SER	Q	Q	82 - 121	82 - 121
10	2	1	GLY	GLY	SER	SER	S	S	82 - 121	82 - 121
11	2	1	GLY	GLY	SER	SER	U	U	82 - 121	82 - 121
12	2	1	GLY	GLY	SER	SER	W	W	82 - 121	82 - 121
1	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	A	A	123 - 131	123 - 131
2	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	C	C	123 - 131	123 - 131
3	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	E	E	123 - 131	123 - 131
4	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	G	G	123 - 131	123 - 131
5	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	I	I	123 - 131	123 - 131
6	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	K	K	123 - 131	123 - 131
7	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	M	M	123 - 131	123 - 131
8	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	O	O	123 - 131	123 - 131
9	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	Q	Q	123 - 131	123 - 131
10	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	S	S	123 - 131	123 - 131
11	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	U	U	123 - 131	123 - 131
12	3	1	ALA	ALA	ILE	ILE	W	W	123 - 131	123 - 131
1	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	A	A	135 - 203	135 - 203
2	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	C	C	135 - 203	135 - 203
3	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	E	E	135 - 203	135 - 203
4	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	G	G	135 - 203	135 - 203
5	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	I	I	135 - 203	135 - 203
6	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	K	K	135 - 203	135 - 203
7	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	M	M	135 - 203	135 - 203
8	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	O	O	135 - 203	135 - 203
9	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	Q	Q	135 - 203	135 - 203
10	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	S	S	135 - 203	135 - 203
11	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	U	U	135 - 203	135 - 203
12	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	W	W	135 - 203	135 - 203
1	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	205 - 231	205 - 231
2	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	C	C	205 - 231	205 - 231
3	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	E	E	205 - 231	205 - 231
4	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	G	G	205 - 231	205 - 231
5	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	I	I	205 - 231	205 - 231
6	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	K	K	205 - 231	205 - 231
7	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	M	M	205 - 231	205 - 231
8	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	O	O	205 - 231	205 - 231
9	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	Q	Q	205 - 231	205 - 231
10	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	S	S	205 - 231	205 - 231
11	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	U	U	205 - 231	205 - 231
12	5	1	VAL	VAL	PRO	PRO	W	W	205 - 231	205 - 231
1	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	233 - 242	233 - 242
2	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	233 - 242	233 - 242
3	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	E	E	233 - 242	233 - 242
4	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	G	G	233 - 242	233 - 242
5	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	I	I	233 - 242	233 - 242
6	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	K	K	233 - 242	233 - 242
7	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	M	M	233 - 242	233 - 242
8	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	O	O	233 - 242	233 - 242
9	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	Q	Q	233 - 242	233 - 242
10	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	S	S	233 - 242	233 - 242
11	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	U	U	233 - 242	233 - 242
12	6	1	LEU	LEU	GLY	GLY	W	W	233 - 242	233 - 242
1	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	244 - 266	244 - 266
2	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	244 - 266	244 - 266
3	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	244 - 266	244 - 266
4	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	G	G	244 - 266	244 - 266
5	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	I	I	244 - 266	244 - 266
6	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	K	K	244 - 266	244 - 266
7	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	M	M	244 - 266	244 - 266
8	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	O	O	244 - 266	244 - 266
9	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	Q	Q	244 - 266	244 - 266
10	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	S	S	244 - 266	244 - 266
11	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	U	U	244 - 266	244 - 266
12	7	1	GLY	GLY	LEU	LEU	W	W	244 - 266	244 - 266
1	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	268 - 275	268 - 275
2	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	C	C	268 - 275	268 - 275
3	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	E	E	268 - 275	268 - 275
4	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	G	G	268 - 275	268 - 275
5	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	I	I	268 - 275	268 - 275
6	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	K	K	268 - 275	268 - 275
7	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	M	M	268 - 275	268 - 275
8	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	O	O	268 - 275	268 - 275
9	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	Q	Q	268 - 275	268 - 275
10	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	S	S	268 - 275	268 - 275
11	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	U	U	268 - 275	268 - 275
12	8	1	GLU	GLU	ILE	ILE	W	W	268 - 275	268 - 275
1	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	B	B	19 - 182	19 - 182
2	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	D	D	19 - 182	19 - 182
3	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	F	F	19 - 182	19 - 182
4	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	H	H	19 - 182	19 - 182
5	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	J	J	19 - 182	19 - 182
6	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	L	L	19 - 182	19 - 182
7	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	N	N	19 - 182	19 - 182
8	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	P	P	19 - 182	19 - 182
9	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	R	R	19 - 182	19 - 182
10	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	T	T	19 - 182	19 - 182
11	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	V	V	19 - 182	19 - 182
12	1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	X	X	19 - 182	19 - 182
1	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	B	B	184 - 233	184 - 233
2	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	D	D	184 - 233	184 - 233
3	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	F	F	184 - 233	184 - 233
4	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	H	H	184 - 233	184 - 233
5	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	J	J	184 - 233	184 - 233
6	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	L	L	184 - 233	184 - 233
7	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	N	N	184 - 233	184 - 233
8	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	P	P	184 - 233	184 - 233
9	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	R	R	184 - 233	184 - 233
10	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	T	T	184 - 233	184 - 233
11	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	V	V	184 - 233	184 - 233
12	2	2	TRP	TRP	ARG	ARG	X	X	184 - 233	184 - 233
1	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	235 - 248	235 - 248
2	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	D	D	235 - 248	235 - 248
3	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	F	F	235 - 248	235 - 248
4	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	H	H	235 - 248	235 - 248
5	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	J	J	235 - 248	235 - 248
6	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	L	L	235 - 248	235 - 248
7	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	N	N	235 - 248	235 - 248
8	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	P	P	235 - 248	235 - 248
9	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	R	R	235 - 248	235 - 248
10	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	T	T	235 - 248	235 - 248
11	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	V	V	235 - 248	235 - 248
12	3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	X	X	235 - 248	235 - 248
1	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	D	D	8 - 18	8 - 18
2	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	L	L	8 - 18	8 - 18
3	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	P	P	8 - 18	8 - 18
4	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	R	R	8 - 18	8 - 18
5	1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	T	T	8 - 18	8 - 18

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2 / EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE RRP41-RRP42 分子量: 30227.625 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質	EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1 分子量: 27612.936 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 50 MM MES, 2.4 M SODIUM MALONATE, PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.951
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→220 Å / Num. obs: 233146 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.79→3.96 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OYR

1oyr

解像度: 2.8→218.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 27.552 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	7031	3 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.216	226114	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→218.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46176	0	13	98	46287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	46834
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.997	63463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.752	5	5998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.97	24.921	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.239	15	8525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.1	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	7605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	34199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	20459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	31626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.242	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.46	1.5	30811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.77	2	48633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.148	3	17644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.044	4.5	14830
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1837	tight positional	0.03	0.05
1	2	C	1837	tight positional	0.04	0.05
1	3	E	1837	tight positional	0.03	0.05
1	4	G	1837	tight positional	0.03	0.05
1	5	I	1837	tight positional	0.03	0.05
1	6	K	1837	tight positional	0.04	0.05
1	7	M	1837	tight positional	0.03	0.05
1	8	O	1837	tight positional	0.04	0.05
1	9	Q	1837	tight positional	0.03	0.05
1	10	S	1837	tight positional	0.03	0.05
1	11	U	1837	tight positional	0.03	0.05
1	12	W	1837	tight positional	0.03	0.05
2	1	B	1757	tight positional	0.03	0.05
2	2	D	1757	tight positional	0.03	0.05
2	3	F	1757	tight positional	0.03	0.05
2	4	H	1757	tight positional	0.03	0.05
2	5	J	1757	tight positional	0.03	0.05
2	6	L	1757	tight positional	0.04	0.05
2	7	N	1757	tight positional	0.03	0.05
2	8	P	1757	tight positional	0.03	0.05
2	9	R	1757	tight positional	0.03	0.05
2	10	T	1757	tight positional	0.03	0.05
2	11	V	1757	tight positional	0.03	0.05
2	12	X	1757	tight positional	0.03	0.05
3	1	D	69	tight positional	0.04	0.05
3	2	L	69	tight positional	0.04	0.05
3	3	P	69	tight positional	0.04	0.05
3	4	R	69	tight positional	0.03	0.05
3	5	T	69	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	2	C	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	3	E	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	4	G	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	5	I	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	6	K	1837	tight thermal	0.06	0.5
1	7	M	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	8	O	1837	tight thermal	0.06	0.5
1	9	Q	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	10	S	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	11	U	1837	tight thermal	0.05	0.5
1	12	W	1837	tight thermal	0.05	0.5
2	1	B	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	2	D	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	3	F	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	4	H	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	5	J	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	6	L	1757	tight thermal	0.06	0.5
2	7	N	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	8	P	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	9	R	1757	tight thermal	0.06	0.5
2	10	T	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	11	V	1757	tight thermal	0.05	0.5
2	12	X	1757	tight thermal	0.05	0.5
3	1	D	69	tight thermal	0.07	0.5
3	2	L	69	tight thermal	0.04	0.5
3	3	P	69	tight thermal	0.05	0.5
3	4	R	69	tight thermal	0.06	0.5
3	5	T	69	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.364	516
R_work	0.342	16231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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