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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bpx | ||||||
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タイトル | HIV-1 protease-inhibitor complex | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Munshi, S. / Chen, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme. 著者: Munshi, S. / Chen, Z. / Li, Y. / Olsen, D.B. / Fraley, M.E. / Hungate, R.W. / Kuo, L.C. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure at 1.9-A Resolution of Human Immunodeficiency Virus (HIV) II Protease Complexed with L-735,524, an Orally Bioavailable Inhibitor of the HIV Proteases 著者: Chen, Z. / Li, Y. / Chen, E. / Hall, D.L. / Darke, P.L. / Culberson, C. / Shafer, J.A. / Kuo, L.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THERE IS ONE PROTEASE DIMER IN AN ASYMMETRICAL UNIT. THE TWO MOLECULES ARE LABELED AS CHAIN A AND CHAIN B. THERE IS ONE L-735,524 INHIBITOR MOLECULE LABELED AS MK1. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH L-735,524 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 遺伝子: HIV-1 PROTEASE FROM THE NY5 ISOLATE / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MK1 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 6385 / % possible obs: 87.7 % / Num. measured all: 25963 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.175 / Rfactor obs: 0.175 / 最高解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |