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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bpg | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / salivary gland morphogenesis ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / salivary gland morphogenesis / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / spleen development / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / spindle microtubule / response to gamma radiation / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA replication / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / microtubule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / inflammatory response / DNA damage response / apoptotic process / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Structures of ternary complexes of rat DNA polymerase beta, a DNA template-primer, and ddCTP. 著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta: Evidence for a Common Polymerase Mechanism 著者: Sawaya, M.R. / Pelletier, H. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bpg.cif.gz | 159 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bpg.ent.gz | 121.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bpg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bpg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ASN B 245 - GLU B 249 OMEGA = 329.09 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATIO | ||||||||
詳細 | THE FIRST COMPLEX IN THE ASYMMETRIC UNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A, T, AND P FOR THE PROTEIN MOLECULE, TEMPLATE, AND PRIMER, RESPECTIVELY, AND THE SECOND COMPLEX IN THE ASYMMETRIC UNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS B, C, AND D FOR THE SECOND PROTEIN MOLECULE, TEMPLATE, AND PRIMER, RESPECTIVELY. |
-要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 TCPD
#1: DNA鎖 | 分子量: 2468.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 2099.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 38388.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06766 |
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-非ポリマー , 3種, 7分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU |
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検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 3.6 Å / Num. all: 25046 / Num. obs: 10650 / % possible obs: 96 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.6 Å / % possible obs: 96 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 3.6→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→20 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.199 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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