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- PDB-2boy: Crystal structure of 3-ChloroCatechol 1,2-Dioxygenase from Rhodoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2boy
タイトルCrystal structure of 3-ChloroCatechol 1,2-Dioxygenase from Rhodococcus Opacus 1CP
要素3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA BARREL / DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / catabolic process / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZHYDROXAMIC ACID / : / Chem-LPP / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS OPACUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Solyanikova, I.P. / Kolomytseva, M.P. / Scozzafava, A. / Golovleva, L.A. / Briganti, F.
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of 3-chlorocatechol 1,2-dioxygenase key enzyme of a new modified ortho-pathway from the Gram-positive Rhodococcus opacus 1CP grown on 2-chlorophenol.
著者: Ferraroni, M. / Kolomytseva, M.P. / Solyanikova, I.P. / Scozzafava, A. / Golovleva, L.A. / Briganti, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of 3-Chlorocatechol 1,2 Dioxygenase of a New Modified Ortho-Patway from the Gram Positive Rhodococcus Opacus 1Cp Grown on 2-Chlorophenol
著者: Ferraroni, M. / Ruiz Tarifa, M.Y. / Scozzafava, A. / Solyanikova, I.P. / Kolomytseva, M.P. / Golovleva, L.A. / Briganti, F.
履歴
登録2005年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly ...citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.42018年12月19日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62019年5月29日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.date_of_sf_release / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.72023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
B: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
C: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
D: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
E: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
F: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
G: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
H: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,17648
ポリマ－225,0528
非ポリマー7,12440
水32,4271800
1
A: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

E: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 58 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,02011
ポリマ－56,2632
非ポリマー1,7579
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
2
F: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

B: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,04412
ポリマ－56,2632
非ポリマー1,78110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
3
G: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

C: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,06813
ポリマ－56,2632
非ポリマー1,80511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
4
D: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
H: 3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,04412
ポリマ－56,2632
非ポリマー1,78110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.179, 86.610, 93.447
Angle α, β, γ (deg.)85.37, 66.53, 76.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12E
22F
32G
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 254
2116B1 - 254
3116C1 - 254
4116D1 - 254
1126E1 - 254
2126F1 - 254
3126G1 - 254
4126H1 - 254

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.92294, 0.34796, -0.16464), (0.15447, 0.05698, 0.98635), (0.35259, -0.93578, -0.00116)72.84505, 37.35315, 0.1059
2given(0.92294, 0.34796, -0.16464), (0.15447, 0.05698, 0.98635), (0.35259, -0.93578, -0.00116)72.84505, 37.35315, 0.1059
3given(0.92789, 0.20751, 0.30978), (0.29883, 0.08298, -0.95069), (-0.22298, 0.97471, 0.01498)39.67403, -0.30892, 47.34713
4given(0.83451, 0.53174, 0.14439), (0.5315, -0.84594, 0.0435), (0.14528, 0.04044, -0.98856)29.66515, 37.00785, 47.1558
5given(0.92195, 0.37481, -0.09758), (0.09938, 0.01458, 0.99494), (0.37434, -0.92699, -0.02381)-74.61449, -58.53592, 40.48733
6given(0.9253, 0.22898, 0.30232), (0.28326, 0.11277, -0.95239), (-0.25217, 0.96688, 0.03948)-54.82457, 45.53782, -8.82951
7given(0.83355, 0.53696, 0.12988), (0.53803, -0.8424, 0.0297), (0.12536, 0.04512, -0.99108)-100.74558, 53.21134, 30.71702

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
3-CHLOROCATECHOL 1,2-DIOXYGENASE


分子量: 28131.559 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOCOCCUS OPACUS (バクテリア) / 株: 1CP / 参照: UniProt: Q8G9L3, catechol 1,2-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 1840分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-BHO / BENZHYDROXAMIC ACID / ベンゾヒドロキサム酸


分子量: 137.136 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#4: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 296 K / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 8000, 0.3 M MAGNESIUM ACETATE, 100 MM HEPES PH 7.5, 5% GLYCEROL 296 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→84.5 Å / Num. obs: 1777980 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.57 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S9A

1s9a


解像度: 1.9→84.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 8943 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 169019 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.43 Å20.47 Å2
2---0.56 Å20.39 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→84.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15553 0 378 1800 17731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02116559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9522464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.42752006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.22365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.28074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.21543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9541.510014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7216119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.536545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9234.56345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1932loose positional0.435
12B1932loose positional0.395
13C1932loose positional0.385
14D1932loose positional0.275
21E1896loose positional0.35
22F1896loose positional0.365
23G1896loose positional0.295
24H1896loose positional0.35
11A1932loose thermal2.3610
12B1932loose thermal2.0210
13C1932loose thermal1.9510
14D1932loose thermal2.2410
21E1896loose thermal2.510
22F1896loose thermal2.9210
23G1896loose thermal3.3410
24H1896loose thermal1.7310
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.289 614
Rwork0.237 11717

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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