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- PDB-2bop: CRYSTAL STRUCTURE AT 1.7 ANGSTROMS OF THE BOVINE PAPILLOMAVIRUS-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bop
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AT 1.7 ANGSTROMS OF THE BOVINE PAPILLOMAVIRUS-1 E2 DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO ITS DNA TARGET
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*G )-3')
  • PROTEIN (E2)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain ...Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTERBIUM (III) ION / DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine papillomavirus type 1 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hegde, R.S. / Grossman, S.R. / Laimins, L.A. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal structure at 1.7 A of the bovine papillomavirus-1 E2 DNA-binding domain bound to its DNA target.
著者: Hegde, R.S. / Grossman, S.R. / Laimins, L.A. / Sigler, P.B.
履歴
登録1994年1月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE PROTEIN FORMS A DIMERIC BARREL. THE FOUR STRANDS OF EACH BETA SHEET DESCRIBED BELOW ...SHEET THE PROTEIN FORMS A DIMERIC BARREL. THE FOUR STRANDS OF EACH BETA SHEET DESCRIBED BELOW COMPRISE A HALF BARREL. THE OTHER HALF IS GENERATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*G )-3')
A: PROTEIN (E2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1564
ポリマ－14,8102
非ポリマー3462
水2,180121
1
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*G )-3')
A: PROTEIN (E2)
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*G )-3')
A: PROTEIN (E2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3138
ポリマ－29,6204
非ポリマー6924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_776-y+2,-x+2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)64.600, 64.600, 64.600
Angle α, β, γ (deg.)61.80, 61.80, 61.80
Int Tables number155
Space group name H-MR32
Atom site foot note1: YTTERBIUM WAS USED IN THE CRYSTALLIZATION AND PHASING OF THIS STRUCTURE. IT HAS NO ROLE IN DNA-BINDING OR DNA SEQUENCE RECOGNITION.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*G )-3')


分子量: 5189.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (E2)


分子量: 9620.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine papillomavirus type 1 (パピローマウイルス)
属: Deltapapillomavirus / 生物種: Bovine papillomavirus - 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03122
#3: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細YTTERBIUM WAS USED IN THE CRYSTALLIZATION AND PHASING OF THIS STRUCTURE. IT HAS NO ROLE IN DNA- ...YTTERBIUM WAS USED IN THE CRYSTALLIZATION AND PHASING OF THIS STRUCTURE. IT HAS NO ROLE IN DNA-BINDING OR DNA SEQUENCE RECOGNITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 335011
3BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
4NACL11
5KCL11
6CACL211
7YBCL311
8WATER12
9PEG 335012
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
111.7 mg/mlprotein-DNA complex1drop
228.8 mMTris-HCl1drop
375 mM1dropNaCl
49.25 %PEG33501drop
512.5 mM1dropKCl
60.5 mM1dropCaCl2
71.5 mMlanthanide chloride1drop
835-37 %PEG33501reservoir
940 mMTris1reservoir
1050 mM1reservoirKCl
112 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
NUCLSQ精密化
PROFFT精密化
精密化解像度: 1.7→6 Å /
Rfactor反射数
obs0.2007 22798
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数677 344 2 121 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.2007
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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