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- PDB-2bon: Structure of an Escherichia coli lipid kinase (YegS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bon
タイトルStructure of an Escherichia coli lipid kinase (YegS)
要素LIPID KINASE
キーワードTRANSFERASE / DAG KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid kinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / sphingolipid metabolic process / phospholipid biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipid kinase YegS / Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) ...Lipid kinase YegS / Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bakali, H.M. / Johnson, K.A. / Hallberg, B.M. / Herman, M.D. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Yegs, a Homologue to the Mammalian Diacylglycerol Kinases, Reveals a Novel Regulatory Metal Binding Site.
著者: Bakali, H.M. / Herman, M.D. / Johnson, K.A. / Kelly, A.A. / Wieslander, A. / Hallberg, B.M. / Nordlund, P.
履歴
登録2005年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPID KINASE
B: LIPID KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9104
ポリマ－71,8612
非ポリマー492
水1,27971
1
A: LIPID KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9552
ポリマ－35,9311
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LIPID KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9552
ポリマ－35,9311
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.326, 166.164, 48.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LIPID KINASE


分子量: 35930.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76407
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
解説: THE DATA ARE VERY ANISOTROPIC. DATA FOR REFINEMENT WERE SELECTED BY CALCULATING AN AVERAGE SIGMA ON F FOR EACH REFLECTION AND ALL NEIGHBORING REFLECTIONS. THUS, UP TO 27 REFLECTIONS ...解説: THE DATA ARE VERY ANISOTROPIC. DATA FOR REFINEMENT WERE SELECTED BY CALCULATING AN AVERAGE SIGMA ON F FOR EACH REFLECTION AND ALL NEIGHBORING REFLECTIONS. THUS, UP TO 27 REFLECTIONS CONTRIBUTED TO THE AVERAGE SIGMA CUTOFF VALUE FOR EACH REFLECTION. THIS AVERAGED SIGMA CUTOFF WAS SET AT 4 SIGMA RESULTING IN A DATA SET 98 PERCENT COMPLETE TO 2.7 ANGSTROMS AND 73 PERCENT COMPLETE OVERALL TO 1.9 ANGSTROMS. THE FIRST DATA SET WAS USED FOR REFINEMENT. THE SECOND DATA SET CONTAINS ALL THE OBSERVED STRUCTURE FACTORS WITH THE STATISTICS GIVEN.
結晶化pH: 5.5
詳細: 15% PEG 3350 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 0.2 M MGCL2 PLUS 15%PEG400 AS CRYOPROTECTANT.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939, 0.939
検出器タイプ: ADSC QUANTUM-4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48 Å / Num. obs: 38253 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→83.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.16 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE NATIVE SEQUENCE. TLS GROUPS WERE CHOSEN BY DOMAIN. THE MAGNESIUM AND WATER ATOMS WERE ASSIGNED TO TLS GROUPS BY PROXIMITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1984 5.2 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 36269 73.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9 Å20 Å20.32 Å2
2---4.71 Å20 Å2
3----4.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→83.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 2 71 4215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9715710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1825547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57324.835182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.84515697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2091528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8831.52800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35824358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13531562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2084.51352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 68
Rwork0.234 1394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0162-1.1327-0.28938.87760.04152.92290.09410.2927-0.4028-0.7692-0.2978-0.00980.7423-0.22540.20370.18310.02480.0487-0.1897-0.1426-0.15323.7405-8.22145.2328
22.5098-0.0492-2.01144.58180.34834.20480.03730.1463-0.2373-0.0638-0.10340.65250.2505-0.45860.066-0.07060.0231-0.0236-0.2818-0.0374-0.3117-7.81939.973220.9034
30.2474-1.53130.02789.5821-0.89945.05280.03660.26290.2571-0.4118-0.15260.1138-0.8090.19030.1160.0215-0.01620.0244-0.17960.0962-0.1294-3.700548.862-20.3386
41.2158-0.78460.44447.0386-0.64689.1547-0.0241-0.10450.35810.2121-0.1119-0.5087-0.43060.78410.136-0.2851-0.01270.0259-0.2643-0.0154-0.31142.259231.0045-1.9529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 124
2X-RAY DIFFRACTION1A286 - 301
3X-RAY DIFFRACTION2A125 - 285
4X-RAY DIFFRACTION2A1302
5X-RAY DIFFRACTION3B5 - 124
6X-RAY DIFFRACTION3B286 - 301
7X-RAY DIFFRACTION4B125 - 285
8X-RAY DIFFRACTION4B1302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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