[日本語] English
万見
- PDB-2bo4: Dissection of mannosylglycerate synthase: an archetypal mannosylt... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bo4
タイトルDissection of mannosylglycerate synthase: an archetypal mannosyltransferase
要素MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / CATALYSIS / GLYCOSYLTRANSFERASE / MANNOSE / STEREOSELECTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosylglycerate synthase / mannosylglycerate synthase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / hexosyltransferase activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Mannosylglycerate synthase C-terminal domain / Mannosylglycerate synthase, GT domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Mannosylglycerate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Flint, J. / Taylor, E. / Yang, M. / Bolam, D.N. / Tailford, L.E. / Martinez-Fleites, C. / Dodson, E.J. / Davis, B.G. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Dissection and High-Throughput Screening of Mannosylglyceerate Synthase
著者: Flint, J. / Taylor, E. / Yang, M. / Bolam, D.N. / Tailford, L.E. / Martinez-Fleites, C. / Dodson, E.J. / Davis, B.G. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2005年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
B: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
C: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
D: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
E: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
F: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,25312
ポリマ－277,1196
非ポリマー1,1356
水31,8331767
1
A: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
B: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
E: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
F: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,5028
ポリマ－184,7464
非ポリマー7564
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
D: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
ヘテロ分子

C: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
D: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,5028
ポリマ－184,7464
非ポリマー7564
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)261.148, 151.288, 153.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE


分子量: 46186.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3)
参照: UniProt: Q9RFR0, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 79 %
結晶化詳細: 0.3 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 4.6, 40% (V/V) MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9783
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9783 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 432716 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
SHELX位相決定
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.453 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 20759 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 392971 95.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18824 0 78 1767 20669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02119446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.93326460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.851340128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48252274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.22796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0221744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.24009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.220840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.211160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.21533
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3250.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5351.511388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.076218414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78538058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9624.58046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 1249
Rwork0.275 23933
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13590.1479-0.47821.0220.38471.0427-0.06440.0817-0.12270.0630.0266-0.11790.08540.07420.03780.0955-0.0860.02340.10850.01750.062686.1671-0.989835.1529
21.48520.5324-0.3191.29610.16540.6475-0.07480.02540.06910.03550.02380.21840.0418-0.09830.05110.1624-0.00210.03710.0274-0.01050.052459.7564-0.262174.895
31.1248-0.1619-0.08131.0427-0.61211.05840.07090.00870.1636-0.0176-0.1076-0.0541-0.10180.03990.03670.02880.0526-0.02870.16680.00220.0704108.253634.476-15.9409
41.7035-0.42360.05031.0485-0.41080.63060.03360.0257-0.21650.0407-0.0893-0.05460.06850.08580.05570.0589-0.063-0.00330.13920.03270.0685120.728511.607323.9655
50.8553-0.0280.56581.2267-0.22621.1328-0.06480.0568-0.0350.07610.0218-0.16240.00790.11060.0430.1678-0.03750.01420.02520.02520.058163.5362-39.646967.1681
60.84970.08740.30031.9827-0.21730.6353-0.02520.08010.14610.0569-0.0210.1781-0.1064-0.01810.04620.0651-0.0654-0.02780.13170.0220.059450.3554-17.476527.1062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 381
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 381
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 381
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 381

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る