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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bn0 | |||||||||
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タイトル | Banana Lectin bound to Laminaribiose | |||||||||
![]() | RIPENING-ASSOCIATED PROTEIN | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / MANNOSE-SPECIFIC JACALIN-RELATED LECTIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Meagher, J.L. / Winter, H.C. / Ezell, P. / Goldstein, I.J. / Stuckey, J.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Banana Lectin Reveals a Novel Second Sugar Binding Site. 著者: Meagher, J.L. / Winter, H.C. / Ezell, P. / Goldstein, I.J. / Stuckey, J.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 488.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 514.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14577.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % |
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結晶化 | pH: 8.25 詳細: 1.275M AMMONIUM SULFATE, 30MM CADMIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS-HCL, PH=8.25 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14620 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 56.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BMY 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 361719.72 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.2747 Å2 / ksol: 0.261912 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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