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- PDB-2bmb: X-ray structure of the bifunctional 6-hydroxymethyl-7,8- dihydrox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bmb
タイトルX-ray structure of the bifunctional 6-hydroxymethyl-7,8- dihydroxypterin pyrophosphokinase dihydropteroate synthase from Saccharomyces cerevisiae
要素FOLIC ACID SYNTHESIS PROTEIN FOL1
キーワードTRANSFERASE / FOLATE BIOSYNTHESIS / LIGASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / dihydropteroate synthase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / dihydropteroate synthase activity / mitochondrial envelope / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / mitochondrial membrane ...dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / dihydropteroate synthase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / dihydropteroate synthase activity / mitochondrial envelope / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / mitochondrial membrane / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Folic acid synthesis protein FOL1 / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / Dihydropteroate synthase signature 1. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily ...Folic acid synthesis protein FOL1 / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / Dihydropteroate synthase signature 1. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTERIN-6-YL-METHYL-MONOPHOSPHATE / Folic acid synthesis protein FOL1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Iliades, P. / Fernley, R.T. / Berglez, J. / Pilling, P.A. / Macreadie, I.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Bifunctional 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin Pyrophosphokinase/Dihydropteroate Synthase of Saccharomyces Cerevisiae
著者: Lawrence, M.C. / Iliades, P. / Fernley, R.T. / Berglez, J. / Pilling, P.A. / Macreadie, I.G.
履歴
登録2005年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FOLIC ACID SYNTHESIS PROTEIN FOL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2493
ポリマ－61,7031
非ポリマー5462
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.566, 92.566, 192.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 FOLIC ACID SYNTHESIS PROTEIN FOL1 / DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE / DHNA / FASA / FASB / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / DHPS / DIHYDROPTEROATE- ...DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE / DHNA / FASA / FASB / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / DHPS / DIHYDROPTEROATE-PYROPHOSPHORYLASE / FASC / 2-AMINO-4-HYDROXY-6 HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINE PYROPHOSPHOKINASE / 7 / 8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE / HPPK / 6-HYDROXYMETHYL-7 / 8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE / PPPK


分子量: 61702.535 Da / 分子数: 1
断片: BIFUNCTIONAL COMPONENT (HPPK-DHPS) OF TRIFUNCTIONAL ENZYME FOL1, RESIDUES 337-864
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P53848, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase, dihydrofolate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PMM / PTERIN-6-YL-METHYL-MONOPHOSPHATE / 6-ヒドロキシメチルプテリン一りん酸


分子量: 273.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N5O5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE HAS AN ADDITIONAL 17 N-TERMINAL EXPRESSION TAG RESIDUES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.94 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 1.17 M NAH2PO4, 0.63 M K2HPO4, PH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月18日 / 詳細: AXCO MONOCAPILLARY OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 37688 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EYE, PDB ENTRY 1CBK

1eye

1cbk


解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 10.121 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE LEADING 16 RESIDUES, ALL PART OF THE TAG, ARE DISORDERED. RESIDUES A421 TO A429 AND RESIDUES A529 TO A535 ARE ALSO DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1877 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 35738 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4094 0 36 124 4254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.9745735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.775510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.94224.724199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77615781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1091525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.11122645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.40234182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.88321820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.43331553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 120 -
Rwork0.243 2369 -
obs--91.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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