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万見
- PDB-2bjx: PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bjx
タイトルPROTEIN DISULFIDE ISOMERASE
要素PROTEIN (PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE)
キーワードELECTRON TRANSPORT / REDOX-ACTIVE CENTER / ISOMERASE / ENDOPLASMIC RETICULUM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / VLDL assembly / insulin processing / interleukin-23-mediated signaling pathway / LDL remodeling / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / thiol oxidase activity / protein disulfide-isomerase ...regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / VLDL assembly / insulin processing / interleukin-23-mediated signaling pathway / LDL remodeling / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / thiol oxidase activity / protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex / protein folding in endoplasmic reticulum / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Chylomicron assembly / Interleukin-23 signaling / interleukin-12-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-7 / Interleukin-12 signaling / protein disulfide isomerase activity / Insulin processing / Detoxification of Reactive Oxygen Species / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of cell adhesion / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / Hedgehog ligand biogenesis / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome / protein folding / lamellipodium / cellular response to hypoxia / actin binding / positive regulation of viral entry into host cell / cytoskeleton / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / focal adhesion / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein disulfide-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Kemmink, J. / Dijkstra, K. / Mariani, M. / Scheek, R.M. / Penka, E. / Nilges, M. / Darby, N.J.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: The structure in solution of the b domain of protein disulfide isomerase.
著者: Kemmink, J. / Dijkstra, K. / Mariani, M. / Scheek, R.M. / Penka, E. / Nilges, M. / Darby, N.J.
#1: ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 1997
タイトル: The Folding Catalyst Protein Disulfide Isomerase is Constructed of Active and Inactive Thioredoxin Modules
著者: Kemmink, J. / Darby, N.J. / Dijkstra, K. / Nilges, M. / Creighton, T.E.
履歴
登録1999年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0721
ポリマ－12,0721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 100LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE)


分子量: 12072.295 Da / 分子数: 1 / 断片: B DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 (DE3) / プラスミド: PET12A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P07237, protein disulfide-isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT DETAIL CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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