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- PDB-2bj6: Crystal Structure of a decameric HNA-RNA hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bj6
タイトルCrystal Structure of a decameric HNA-RNA hybrid
要素
  • 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
  • SYNTHETIC HNA
キーワードNUCLEIC ACID (HNA/RNA) / DNA / RNA / HNA / HEXITOL NUCLEIC ACID / HYBRID / DUPLEX / MODIFIED NUCLEIC ACID / ANTISENSE / BACKBONE MODIFICATION / NUCLEIC ACID (HNA-RNA) complex
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Maier, T. / Przylas, I. / Straeter, N. / Herdewijn, P. / Saenger, W.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Reinforced Hna Backbone Hydration in the Crystal Structure of a Decameric Hna/RNA Hybrid
著者: Maier, T. / Przylas, I. / Strater, N. / Herdewijn, P. / Saenger, W.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998
タイトル: Molecular Dynamics Simulation to Inverstigate Differences in Minor Groove Hydration of Hna-RNA Hybrids as Compared to Hna-DNA Complexes
著者: Dewinter, H. / Lescrinier, E. / Vanaerschot, A. / Herdewijn, P.
#2: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2000
タイトル: Solution Structure of a Hna-RNA Hybrid
著者: Lescrinier, E. / Esnouf, R. / Schraml, J. / Busson, R. / Heus, H.A. / Hilbers, C.W. / Herdewijn, P.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Double Helical Hexitol Nucleic Acids
著者: Declercq, R. / Vanaerschot, A. / Read, R.J. / Herdewijn, P. / Vanmeervelt, L.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.C / 年: 1996
タイトル: 1,5-Anhydro-2,3-Dideoxy-2-(Guanin-9-Yl)-D-Arabino-Hexitol
著者: Declerq, R. / Herdewijn, P. / Vanmeervelt, L.
履歴
登録2005年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNTHETIC HNA
B: SYNTHETIC HNA
C: SYNTHETIC HNA
D: SYNTHETIC HNA
E: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
G: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
H: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,92913
ポリマ－25,4498
非ポリマー4805
水2,936163
1
A: SYNTHETIC HNA
E: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4583
ポリマ－6,3622
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SYNTHETIC HNA
F: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4583
ポリマ－6,3622
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: SYNTHETIC HNA
G: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6505
ポリマ－6,3622
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: SYNTHETIC HNA
H: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3622
ポリマ－6,3622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.910, 113.910, 55.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖
SYNTHETIC HNA


分子量: 3145.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL SYNTHESIS, PHOSPHOROTHIOATE / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: RNA鎖
5'-R(*GP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*GP*GP)-3'


分子量: 3216.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL SYNTHESIS, PHOSPHOROTHIOATE / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化詳細: 0.9M LISO4, 10MM MG(AC)2,0.1M TRIS/HCL, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.92067
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→35 Å / Num. obs: 11676 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.64 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→35 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DIFFERENT ATOM NUMBERING SCHEMES ARE USED IN THE LITERATURE. PLEASE SEE PRIMARY AND SECONDARY CITATIONS FOR A DETAILED DESCRIPTION. STEREOCHEMICAL PARAMETERS FOR HNA MONOMERS HAVE BEEN ...詳細: DIFFERENT ATOM NUMBERING SCHEMES ARE USED IN THE LITERATURE. PLEASE SEE PRIMARY AND SECONDARY CITATIONS FOR A DETAILED DESCRIPTION. STEREOCHEMICAL PARAMETERS FOR HNA MONOMERS HAVE BEEN DERIVED FROM SMALL MOLECULE X-RAY STRUCTURES, SEE SECONDARY REFERENCES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 -10.2 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 11676 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1688 25 163 1876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0078
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.245
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Total num. of bins used: 23 /
Rfactor反射数
Rfree0.4695 54
Rwork0.4692 455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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