PDB-2bis: Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bis

タイトル

Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi

要素

GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY / 5 UDP/ADP-GLUCOSE-GLYCOGEN SYNTHASE / TWO ROSSMAN FOLDS

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Horcajada, C. / Guinovart, J.J. / Fita, I. / Ferrer, J.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of an Archaeal Glycogen Synthase: Insights Into Oligomerisation and Substrate Binding of Eukaryotic Glycogen Synthases.
著者: Horcajada, C. / Guinovart, J.J. / Fita, I. / Ferrer, J.C.

履歴

登録	2005年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2025年4月9日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bis.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bis.ent.gz	214.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bis_validation.pdf.gz	740.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bis_full_validation.pdf.gz	759 KB	表示
XML形式データ	2bis_validation.xml.gz	53.1 KB	表示
CIF形式データ	2bis_validation.cif.gz	67.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2bis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/2bis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qjs-2 3d1j-d 3vow-d 4jl5-d 3sr0-d 5m3u-d 3yas-2 5bxv-d 3l01-1 6fi8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (2)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

B: GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

C: GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

ヘテロ分子

150 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.985, 73.973, 148.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.19, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 11	4 - 14
2	1	1	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 11	4 - 14
3	1	1	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 11	4 - 14
1	2	1	VAL	VAL	ARG	ARG	A	A	13 - 45	16 - 48
2	2	1	VAL	VAL	ARG	ARG	B	B	13 - 45	16 - 48
3	2	1	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	13 - 45	16 - 48
1	3	1	ARG	ARG	HIS	HIS	A	A	55 - 151	58 - 154
2	3	1	ARG	ARG	HIS	HIS	B	B	55 - 151	58 - 154
3	3	1	ARG	ARG	HIS	HIS	C	C	55 - 151	58 - 154
1	4	1	LEU	LEU	SER	SER	A	A	153 - 169	156 - 172
2	4	1	LEU	LEU	SER	SER	B	B	153 - 169	156 - 172
3	4	1	LEU	LEU	SER	SER	C	C	153 - 169	156 - 172
1	5	1	TYR	TYR	ASN	ASN	A	A	174 - 217	177 - 220
2	5	1	TYR	TYR	ASN	ASN	B	B	174 - 217	177 - 220
3	5	1	TYR	TYR	ASN	ASN	C	C	174 - 217	177 - 220
1	6	1	TRP	TRP	LEU	LEU	A	A	414 - 437	417 - 440
2	6	1	TRP	TRP	LEU	LEU	B	B	414 - 437	417 - 440
3	6	1	TRP	TRP	LEU	LEU	C	C	414 - 437	417 - 440
1	1	2	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	218 - 294	221 - 297
2	1	2	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	218 - 294	221 - 297
3	1	2	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	218 - 294	221 - 297
1	2	2	GLU	GLU	THR	THR	A	A	305 - 314	308 - 317
2	2	2	GLU	GLU	THR	THR	B	B	305 - 314	308 - 317
3	2	2	GLU	GLU	THR	THR	C	C	305 - 314	308 - 317
1	3	2	LEU	LEU	TYR	TYR	A	A	317 - 337	320 - 340
2	3	2	LEU	LEU	TYR	TYR	B	B	317 - 337	320 - 340
3	3	2	LEU	LEU	TYR	TYR	C	C	317 - 337	320 - 340
1	4	2	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	339 - 392	342 - 395
2	4	2	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	339 - 392	342 - 395
3	4	2	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	339 - 392	342 - 395
1	5	2	SER	SER	SER	SER	A	A	396 - 413	399 - 416
2	5	2	SER	SER	SER	SER	B	B	396 - 413	399 - 416
3	5	2	SER	SER	SER	SER	C	C	396 - 413	399 - 416

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.245, -0.97, -0.007), (0.462, -0.123, 0.878), (-0.852, 0.212, 0.478)	0.72676, -1.05238, 0.73308
2	given	(-0.32012, 0.44008, -0.83896), (-0.9454, -0.20558, 0.2529), (-0.06118, 0.87411, 0.48186)	0.77712, 0.58377, 0.29646

#1: タンパク質

GLGA GLYCOGEN SYNTHASE

分子量: 49328.551 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌) / プラスミド: PET28 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9V2J8, starch synthase (glycosyl-transferring)

#2: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン

分子量: 88.105 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 化合物

ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP

タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.55 %
結晶化	pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→29.5 Å / Num. obs: 41024 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	2060	5 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.204	38891	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	-1.22 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10449	0	132	0	10581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	10808
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	10038
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.974	14542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3	23284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.082	5	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.573	23.133	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.624	15	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.049	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	10217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	5209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	6185
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.203	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.693	1.5	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.925	2	10426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.349	3	4679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.039	4.5	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1326	medium positional	0.19	0.5
1	2	B	1326	medium positional	0.17	0.5
1	3	C	1326	medium positional	0.19	0.5
2	1	A	1057	medium positional	0.29	0.5
2	2	B	1057	medium positional	0.34	0.5
2	3	C	1057	medium positional	0.32	0.5
1	1	A	2192	loose positional	0.51	5
1	2	B	2192	loose positional	0.54	5
1	3	C	2192	loose positional	0.56	5
2	1	A	1682	loose positional	0.76	5
2	2	B	1682	loose positional	0.73	5
2	3	C	1682	loose positional	0.83	5
1	1	A	1326	medium thermal	0.77	2
1	2	B	1326	medium thermal	0.52	2
1	3	C	1326	medium thermal	0.66	2
2	1	A	1057	medium thermal	1.14	2
2	2	B	1057	medium thermal	0.88	2
2	3	C	1057	medium thermal	1.69	2
1	1	A	2192	loose thermal	1.44	10
1	2	B	2192	loose thermal	1.2	10
1	3	C	2192	loose thermal	1.29	10
2	1	A	1682	loose thermal	1.94	10
2	2	B	1682	loose thermal	1.95	10
2	3	C	1682	loose thermal	2.99	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.394	134
R_work	0.296	2822

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)