+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bif | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE H256A MUTANT WITH F6P IN PHOSPHATASE ACTIVE SITE | ||||||
![]() | PROTEIN (6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HYDROLASE / KINASE / TRANSFERASE (PHOSPHO) / PHOSPHATASE / HYDROLASE (PHOSPHO) / GLYCOLYSIS / BIFUNCTIONAL ENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / fructose metabolic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yuen, M.H. / Hasemann, C.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the H256A mutant of rat testis fructose-6-phosphate,2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase. Fructose 6-phosphate in the active site leads to mechanisms for both ...タイトル: Crystal structure of the H256A mutant of rat testis fructose-6-phosphate,2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase. Fructose 6-phosphate in the active site leads to mechanisms for both mutant and wild type bisphosphatase activities. 著者: Yuen, M.H. / Mizuguchi, H. / Lee, Y.H. / Cook, P.F. / Uyeda, K. / Hasemann, C.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 155.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1bifS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.721996, -0.182914, -0.667281), ベクター: |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54001.516 Da / 分子数: 2 / 変異: W15F, W64F, H256A, W299F, W320F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BIFUNCTIONAL ENZYME, ALSO IS EC 3.1.3.46 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P25114, 6-phosphofructo-2-kinase, fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase |
---|
-糖 , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/F6P.gif)
![](data/chem/img/F6P.gif)
#2: 糖 | #3: 糖 | |
---|
-非ポリマー , 5種, 282分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ANP / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
非ポリマーの詳細 | MG 501: PART OF MG-ATP. COORDINATED BY ASP 128, THR 52 OF THE WALKER A AND WALKER B MOTIFS. THE ...MG 501: PART OF MG-ATP. COORDINATE |
---|---|
配列の詳細 | THE SEQRES INCLUDES THE INITIATOR METHIONINE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 詳細: 90MM SUCCINATE, PH 6.0, 17% PEG4000, 1% B-OCTYLGLUCOSIDE, 10% GLYCEROL, pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月15日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 29479 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.56 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 60.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 37144 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BIF 解像度: 2.4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.0039 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: ENGH & HUBER / Topol file: ENGH & HUBER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.327 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.269 |