PDB-2bhs: Crystal Structure of Cysteine Synthase B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bhs

タイトル

Crystal Structure of Cysteine Synthase B

要素

CYSTEINE SYNTHASE B

キーワード

TRANSFERASE / CYSTEINE BIOSYNTHESIS / PLP-DEPENDENT ENZYME / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAL PHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine biosynthetic process via S-sulfo-L-cysteine / L-cysteine catabolic process to pyruvate / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine biosynthetic process from serine / iron-sulfur cluster assembly / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Claus, M.T. / Zocher, G.E. / Maier, T.H.P. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structure of the O-Acetylserine Sulfhydrylase Isoenzyme Cysm from Escherichia Coli
著者: Claus, M.T. / Zocher, G.E. / Maier, T.H.P. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2005年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bhs.cif.gz	228.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bhs.ent.gz	187.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bhs_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bhs_full_validation.pdf.gz	503.5 KB	表示
XML形式データ	2bhs_validation.xml.gz	52.8 KB	表示
CIF形式データ	2bhs_validation.cif.gz	68.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bhtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jc3-2 2v03-1 4lmb-1 2bht-1 2jc3-3 2rgo-3 4rg4-d 4wtj-d 2jc3-4 6er9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CYSTEINE SYNTHASE B

B: CYSTEINE SYNTHASE B

C: CYSTEINE SYNTHASE B

D: CYSTEINE SYNTHASE B

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYSTEINE SYNTHASE B

B: CYSTEINE SYNTHASE B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CYSTEINE SYNTHASE B

ヘテロ分子

C: CYSTEINE SYNTHASE B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: CYSTEINE SYNTHASE B

ヘテロ分子

D: CYSTEINE SYNTHASE B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	195.584, 195.584, 235.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.483423, 0.873976, -0.049686), (0.874204, -0.484941, -0.024483), (-0.045493, -0.0316, -0.998465)	-91.335, 171.464, 301.556
2	given	(0.506428, -0.862049, -0.020055), (-0.862269, -0.506413, -0.006186), (-0.004824, 0.020426, -0.99978)	100.319, 284.469, 322.324
3	given	(0.491768, -0.870208, 0.030048), (0.87041, 0.492226, 0.009969), (-0.023465, 0.021252, 0.999499)	94.227, 56.107, 9.425

#1: タンパク質	CYSTEINE SYNTHASE B / O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE B / O-ACETYLSERINE (THIOL)-LYASE B / CSASE B / O-ACETYLSERINE SULFHYDRYLASE B 分子量: 32699.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SCHIFF BASE LINK BETWEEN A41 AND PLP320 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PASK-IBA3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16703, cysteine synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	O(3)-ACETYL-L-SERINE + H(2)S = L-CYSTEINE + ACETATE.
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5 Å³/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化	pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→20 Å / Num. obs: 75414 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.67→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 8.318 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	2263	3 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.223	73148	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8800	0	60	268	9128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	9000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.973	12165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.999	3	19411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.69	5	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	10489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	5611
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.253	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.083	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.803	1.5	5748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.52	2	9209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.546	3	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.776	4.5	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.67→2.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.357	163
R_work	0.326	5254

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)