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万見
- PDB-2bhi: Crystal structure of Taiwan cobra cardiotoxin A3 complexed with s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bhi
タイトルCrystal structure of Taiwan cobra cardiotoxin A3 complexed with sulfogalactoceramide
要素CYTOTOXIN 3
キーワードCARDIOTOXIN / COBRA CARDIOTOXIN / SULFOGALACTOCERAMIDE SULFATIDE / GLYCOSPHINGOLIPID / MEMBRANE PORE FORMATION / CYTOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / SULFOGALACTOCERAMIDE / Cytotoxin 4 / Cytotoxin 3
類似検索 - 構成要素
生物種NAJA ATRA (タイワンコブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Wang, C.-H. / Liu, J.-H. / Wu, P.-L. / Lee, S.-C. / Hsiao, C.-D. / Wu, W.-G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Glycosphingolipid-Facilitated Membrane Insertion and Internalization of Cobra Cardiotoxin: The Sulfatide/Cardiotoxin Complex Structure in a Membrane-Like Environment Suggests a Lipid- ...タイトル: Glycosphingolipid-Facilitated Membrane Insertion and Internalization of Cobra Cardiotoxin: The Sulfatide/Cardiotoxin Complex Structure in a Membrane-Like Environment Suggests a Lipid-Dependent Cell-Penetrating Mechanism for Membrane Binding Polypeptides.
著者: Wang, C.-H. / Liu, J.-H. / Lee, S.-C. / Hsiao, C.-D. / Wu, W.-G.
履歴
登録2005年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOTOXIN 3
B: CYTOTOXIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,07414
ポリマ－13,5172
非ポリマー5,55712
水1,802100
1
A: CYTOTOXIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2028
ポリマ－6,7581
非ポリマー3,4447
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOTOXIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8716
ポリマ－6,7581
非ポリマー2,1135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.327, 63.327, 120.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2005-

HOH

21A-2013-

HOH

31A-2032-

HOH

41B-2003-

HOH

51B-2011-

HOH

61B-2051-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CYTOTOXIN 3 / CARDIOTOXIN 3 / CTX-3 / CARDIOTOXIN ANALOG III / CTX IIICARDIOTOXIN 3


分子量: 6758.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NAJA ATRA (タイワンコブラ) / 器官: VENOM GLAND / 参照: UniProt: P01444, UniProt: P60301*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SFT / SULFOGALACTOCERAMIDE / SULFATIDE / 1-O-(3-O-スルホ-β-D-ガラクトピラノシル)-N-[(R)-1-オキソ-2-ヒドロキシテトラコシル]スフィン(以下略)


分子量: 908.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H93NO12S
#3: 化合物
ChemComp-C10 / HEXAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / ヘキサエチレングリコ-ルモノデシルエ-テル


分子量: 422.596 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H46O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BELONGS TO THE SNAKE TOXIN FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化pH: 7
詳細: 1.8 M SODIUM MALONATE, 7.5% (V/V) TERT-BUTANOL, 7.5% (V/V) PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4 EO/OH), 0.08% (W/V) C10E6, 50 MM IMIDAZOLE, AND 50 MM TRIS-HCL, PH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL17B2 / 波長: 1.1271
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM WITH SAGITTAL FOCUSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→26.5 Å / Num. obs: 6821 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H0J

1h0j


解像度: 2.31→26.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 521475.44 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 501 8.2 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 6126 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.1255 Å2 / ksol: 0.370974 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å23.08 Å20 Å2
2--2.31 Å20 Å2
3----4.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→26.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数930 0 246 100 1276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.44
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 67 8.4 %
Rwork0.206 731 -
obs--72.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5LIGAND.PARLIGAND.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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