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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bf1 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of an unliganded and fully-glycosylated SIV gp120 envelope glycoprotein | ||||||||||||
![]() | EXTERIOR MEMBRANE GLYCOPROTEIN GP120 | ||||||||||||
![]() | VIRUS PROTEIN / SIV / GP120 / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / AIDS / COAT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chen, B. / Vogan, E.M. / Gong, H. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an Unliganded Simian Immunodeficiency Virus Gp120 Core 著者: Chen, B. / Vogan, E.M. / Gong, H. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. / Harrison, S.C. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2005 タイトル: Determining the Structure of the Unliganded and Fully-Glycosylated Siv Gp120 Envelope Glycoprotein. 著者: Chen, B. / Vogan, E.M. / Gong, H. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | ALTHOUGH THIS ENTRY DESCRIBES THE MONOMERIC STRUCTURE OFGP120, A THEORETICAL MODEL OF THE TRIMERIC FORM OF THEPROTEIN HAS BEEN GENERATED. THE DETAILS OF THE TRIMER ANDTHE MATRICES RELATING CHAIN A OF THIS ENTRY TO THECONSTITUENTS OF THE TRIMERIC STRUCTURE CAN BE FOUND INREMARK 400 BELOW. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36833.723 Da / 分子数: 1 / 断片: GP120 CORE, RESIDUES 66-109,209-311,342-502 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MAC32H / プラスミド: PSIVGP120CORE / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 8種, 13分子 
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 糖 | |
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-詳細
構成要素の詳細 | GP120 IS PRODUCED FROM A PRECURSOR PROTEIN, GP160. THE PRECURSOR ASSEMBLES INTO A TRIMER, WHICH ...GP120 IS PRODUCED FROM A PRECURSOR PROTEIN, GP160. THE PRECURSOR ASSEMBLES INTO A TRIMER, WHICH REMAINS INTACT AFTER CLEAVAGE OF GP160 TO GP120 AND GP41. A THEORETICA |
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Has protein modification | Y |
配列の詳細 | IN THE EXPRESSION CONSTRUCT, SHORT LINKERS, GAG HAVE BEEN SUBSTITUTED FOR THE V1V2 AND V3 LOOPS. ...IN THE EXPRESSION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 6000, 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.0 AND 8% PEG 400 AT 20 DEGREES C. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月7日 / 詳細: RH-COATED SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→26 Å / Num. obs: 100402 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 141.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 4→4.09 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PLEASE NOTE THAT BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION OF THE EXPERIMENTAL DATA USED TO DETERMINE THIS STRUCTURE, THE PRECISION OF THE MODEL, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PLEASE NOTE THAT BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION OF THE EXPERIMENTAL DATA USED TO DETERMINE THIS STRUCTURE, THE PRECISION OF THE MODEL, PARTICULARLY WITH RESPECT TO SIDE CHAIN POSITIONS, IS REDUCED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 3 Å / 減衰半径: 2.8 Å / VDWプローブ半径: 3 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 128.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→26 Å
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拘束条件 |
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