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- PDB-2be9: Crystal structure of the CTP-liganded (T-State) aspartate transca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2be9
タイトルCrystal structure of the CTP-liganded (T-State) aspartate transcarbamoylase from the extremely thermophilic archaeon Sulfolobus acidocaldarius
要素
  • Aspartate carbamoyltransferase
  • Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
キーワードTRANSFERASE / ATCASE / HYPERTHERMOPHILIC / TEMPERATURE / ALLOSTERIC / HOLOENZYME / CTP COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者De Vos, D. / Savvides, S.N. / Van Beeumen, J.J.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Sulfolobus acidocaldarius aspartate carbamoyltransferase in complex with its allosteric activator CTP.
著者: De Vos, D. / Xu, Y. / Aerts, T. / Van Petegem, F. / Van Beeumen, J.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of T State Aspartate Carbamoyltransferase of the Hyperthermophilic Archaeon Sulfolobus Acidocaldarius.
著者: De Vos, D. / Van Petegem, F. / Remaut, H. / Legrain, C. / Glandorff, N. / Van Beeumen, J.
履歴
登録2005年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8225
ポリマ－53,1782
非ポリマー6453
水1,38777
1
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,93430
ポリマ－319,06612
非ポリマー3,86818
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area30230 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area105710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.932, 131.932, 139.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細The biological assembly is a dodecamer generated from the heterodimer in the asymmetric unit by the operations: (-y,x-y,z);(-x+y,-x,z);(-y,-x,-z+1/2);(-x+y,y,-z+1/2);(x,x-y,-z+1/2)

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 34332.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: pyrB / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600(delta(pyrBI) / 参照: UniProt: Q55338, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain


分子量: 18845.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: pyrI / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600(delta(pyrBI) / 参照: UniProt: P74766

-
非ポリマー , 4種, 80分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE CTP soak, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8034 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日
放射モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 24875 / Num. obs: 24875 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1PG5

1pg5


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 20.13 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27133 1123 5.1 %RANDOM
Rwork0.22257 ---
all0.22501 ---
obs0.22501 20963 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20.42 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3494 0 35 77 3606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9944842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.28824.467150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.49515676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9581521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22447
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2560.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6191.52258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08123582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41731465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.214.51260
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 81 -
Rwork0.292 1484 -
obs--97.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5788-0.2292-0.3821.37420.32380.8210.0261-0.0836-0.0148-0.07350.0065-0.09920.05590.1775-0.0326-0.06210.0022-0.0073-0.04330.0063-0.099886.093724.289460.1123
21.8742-0.75070.55142.6950.92044.1943-0.0625-0.1976-0.00830.021-0.0316-0.2226-0.0694-0.00260.0941-0.1227-0.0643-0.002-0.02240.0205-0.1259117.567559.863843.1093
36.10811.4138-2.55761.86310.20491.4843-0.0046-0.0263-0.2338-0.0926-0.1155-0.1912-0.03720.06580.1201-0.0576-0.04660.0839-0.04970.0161-0.092101.791242.41747.2624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 2991 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 10015 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3BB101 - 160105 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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