PDB-2bd1: A possible role of the second calcium ion in interfacial binding:...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bd1

タイトル

A possible role of the second calcium ion in interfacial binding: Atomic and medium resolution crystal structures of the quadruple mutant of phospholipase A2

要素

Phospholipase A2

キーワード

HYDROLASE / alpha helix / beta sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sekar, K. / Velmurugan, D. / Tsai, M.D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Suggestive evidence for the involvement of the second calcium and surface loop in interfacial binding: monoclinic and trigonal crystal structures of a quadruple mutant of phospholipase A(2).
著者: Sekar, K. / Yogavel, M. / Kanaujia, S.P. / Sharma, A. / Velmurugan, D. / Poi, M.J. / Dauter, Z. / Tsai, M.D.

履歴

登録	2005年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bd1.cif.gz	68 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bd1.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/2bd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/2bd1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bchC 1mktS 1uneS 1vl9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o3w-d 1irb-d 1mks-d 1c74-d 1mkv-d 3vbz-1 5z5u-d 3hsw-d 2osn-d 1pir-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (11) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase A2

B: Phospholipase A2

ヘテロ分子

28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospholipase A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phospholipase A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.58, 48.69, 67.55
Angle α, β, γ (deg.)	90, 102.3, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

There are two monomers (same copy) are in the asymmmetryic unit. The biological assembly itself is a monomer

#1: タンパク質	Phospholipase A2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / Group IB phospholipase A2 分子量: 13818.567 Da / 分子数: 2 / 変異: K53M, K56M, K120M, K121M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PLA2G1B / プラスミド: PTO-A2MBL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P00593, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: The crystallization droplet contained 5 micro litre of protein (18 to 20 mg/ml) in 50 mM tris buffer with 2 micro litre of MPD (60%) and the reservoir contained 70% of MPD., pH 7.2, VAPOR ...詳細: The crystallization droplet contained 5 micro litre of protein (18 to 20 mg/ml) in 50 mM tris buffer with 2 micro litre of MPD (60%) and the reservoir contained 70% of MPD., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: The crystallization droplet contained 5 micro litre of protein (18 to 20 mg/ml) in 50 mM tris buffer with 2 micro litre of MPD (60%) and the reservoir contained 70% of MPD., pH 7.2, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→14.69 Å / Num. all: 13356 / Num. obs: 13356 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / R_merge(I) obs: 0.093
反射シェル	解像度: 1.9→1.99 Å / R_merge(I) obs: 0.458 / Num. unique all: 1507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UNE, 1MKT

1une

1mkt

解像度: 1.9→14.69 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	1071	-	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	-	13340	94.7 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	-0.28 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.26 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.19 Å	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1906	0	4	234	2144

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.99 Å / R_factor R_free error: 0.026

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	131	-
R_work	0.298	-	-
obs	-	1507	70.1 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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