PDB-2bc7: Solution structure of [Sec2,8]-ImI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bc7

タイトル

Solution structure of [Sec2,8]-ImI

要素

Alpha-conotoxin ImI

キーワード

TOXIN / helix / disulfide bond / diselenide bond

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin ImI

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Armishaw, C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: {alpha}-Selenoconotoxins, a New Class of Potent {alpha}7 Neuronal Nicotinic Receptor Antagonists.
著者: Armishaw, C.J. / Daly, N.L. / Nevin, S.T. / Adams, D.J. / Craik, D.J. / Alewood, P.F.

履歴

登録	2005年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2013年6月26日	Group: Other
改定 1.4	2014年4月9日	Group: Other
改定 1.5	2014年8月6日	Group: Derived calculations
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bc7.cif.gz	59 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bc7.ent.gz	40 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/2bc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/2bc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bc8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin ImI

1.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin ImI 分子量: 1452.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase peptide synthesis / 参照: UniProt: P50983
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	E-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM peptide / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 1 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 290 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1.3.5	Bruker	collection
XEASY	1.3.7	Eccles et.al	データ解析
DYANA	1.5	Guntert et.al	精密化
CNS	1	Brunger et.al	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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