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万見
- PDB-2ban: Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ban
タイトルCrystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with JANSSEN-R157208
要素
  • Reverse transcriptase P51 subunit
  • Reverse transcriptase P66 subunit
キーワードTRANSFERASE / AIDS / HIV / drug design / reverse transcriptase / RT / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-357 / : / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Das, K. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures for HIV-1 Reverse Transcriptase in Complexes with Three Pyridinone Derivatives: A New Class of Non-Nucleoside Inhibitors Effective against a Broad Range of Drug-Resistant Strains.
著者: Himmel, D.M. / Das, K. / Clark Jr., A.D. / Hughes, S.H. / Benjahad, A. / Oumouch, S. / Guillemont, J. / Coupa, S. / Poncelet, A. / Csoka, I. / Meyer, C. / Andries, K. / Nguyen, C.H. / Grierson, D.S. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: J.MED.CHEM. / 年: 2005
タイトル: 4-benzyl and 4-benzoyl-3-dimethylaminopyridin-2(1h)-ones: in vitro evaluation of new c-3-amino-substituted and c-5,6-alkyl-substituted analogues against clinically important HIV mutant strains
著者: Benjahad, A. / Croisy, M. / Monneret, C. / Bisagni, E. / Mabire, D. / Coupa, S. / Poncelet, A. / Csoka, I. / Guillemont, J. / Meyer, C. / Andries, K. / Pauwels, R. / de Bethune, M.P. / ...著者: Benjahad, A. / Croisy, M. / Monneret, C. / Bisagni, E. / Mabire, D. / Coupa, S. / Poncelet, A. / Csoka, I. / Guillemont, J. / Meyer, C. / Andries, K. / Pauwels, R. / de Bethune, M.P. / Himmel, D.M. / Das, K. / Arnold, E. / Nguyen, C.H. / Grierson, D.S.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of TMC125-R165335 (Etravirine) and Related Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly ...タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of TMC125-R165335 (Etravirine) and Related Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly Potent and Effective against Wild-Type and Drug-Resistant HIV-1 Variants
著者: Das, K. / Clark Jr., A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / de Jonge, M.R. / Koymans, L.M.H. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / ...著者: Das, K. / Clark Jr., A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / de Jonge, M.R. / Koymans, L.M.H. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / Lichtenstein, M.A. / Andries, K. / Pauwels, R. / de Bethune, M.-P. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Janssen, P.A.J. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO Complexed with Wild-Type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO Complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT Drug-Resistant Mutant.
著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure and Functional Implications of the Polymerase Active Site Region in a Complex of HIV-1 RT with a Double-Stranded DNA Template-Primer and an Antibody Fab Fragment at 2.8 A Resolution.
著者: Ding, J. / Das, K. / Hsiou, Y. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Jacobo-Molina, A. / Tantillo, C. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors.
著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
履歴
登録2005年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase P66 subunit
B: Reverse transcriptase P51 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1664
ポリマ－114,7832
非ポリマー3832
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area47250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.240, 69.430, 104.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase P66 subunit / HIV-1 RT


分子量: 64500.965 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 599-1158 / 変異: C447S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 ISOLATE / 解説: HIV-1 CLONE 12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 Reverse transcriptase P51 subunit / HIV-1 RT


分子量: 50281.762 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 599-1028 / 変異: C447S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 ISOLATE / 解説: HIV-1 CLONE 12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-357 / 5-ETHYL-3-[(2-METHOXYETHYL)METHYLAMINO]-6-METHYL-4-(3-METHYLBENZYL)PYRIDIN-2(1H)-ONE


分子量: 328.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG8000, AMMINIUM SULPHATE, SODIUM, CHLORID, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 31625 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.014
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / % possible obs: 77.4 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Num. measured obs: 2544 / Χ2: 0.923 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HNV

1hnv


解像度: 2.95→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 382406.531 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 1499 4.9 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.25 30359 91.9 %-
all-31858 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.902 Å2 / ksol: 0.23 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.57 Å20 Å235.4 Å2
2---16.71 Å20 Å2
3---2.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.11 Å0.91 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7898 0 25 1 7924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.652.5
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.499 199 5.1 %
Rwork0.454 3703 -
all-3902 -
obs--71.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.topion.param
X-RAY DIFFRACTION3water.topwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4157.top157.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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