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万見
- PDB-2b9w: Crystal Structure of CLA-producing fatty acid isomerase from P. acnes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b9w
タイトルCrystal Structure of CLA-producing fatty acid isomerase from P. acnes
要素putative aminooxidase
キーワードISOMERASE / conjugated linoleic acid / fad
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #1990 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #1990 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Aminooxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Propionibacterium acnes (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Liavonchanka, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure and mechanism of the Propionibacterium acnes polyunsaturated fatty acid isomerase
著者: Liavonchanka, A. / Hornung, E. / Feussner, I. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2005年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative aminooxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5566
ポリマ－49,0821
非ポリマー1,4745
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.419, 160.419, 160.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

NA

21A-2021-

HOH

31A-2323-

HOH

41A-2402-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 putative aminooxidase / Fatty acid isomerase


分子量: 49081.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Propionibacterium acnes (バクテリア)
プラスミド: pGEX 6-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 50842522, UniProt: Q6A8X5*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 470分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2% PEG 400, 0.02M Bis-Tris, 2M lithium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 49143 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0013精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95→35.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.836 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19045 2495 5.1 %RANDOM
Rwork0.16409 ---
obs0.16543 46647 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.557 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3455 0 97 465 4017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9644952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92935947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5535424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91223.802192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84315576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.851523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.22780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.4210.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.390.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2060.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4510.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.52106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1951.5858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31723397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3331616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.664.51554
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 162 -
Rwork0.28 2812 -
obs--80.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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