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万見
- PDB-2b9b: Structure of the Parainfluenza Virus 5 F Protein in its Metastabl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b9b
タイトルStructure of the Parainfluenza Virus 5 F Protein in its Metastable, Pre-fusion Conformation
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion protein / pre-fusion conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle ...Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 5 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Yin, H.-S. / Wen, X. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of the parainfluenza virus 5 F protein in its metastable, prefusion conformation
著者: Yin, H.-S. / Wen, X. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2005年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,30015
ポリマ－160,6463
非ポリマー2,65412
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20110 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area63870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.206, 259.864, 154.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 53548.613 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 20-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 5 (ウイルス) / 属: Rubulavirus / 遺伝子: F / プラスミド: pMelBac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04849
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.34 %
結晶化温度: 295 K / pH: 8
詳細: sodium potassium tartrate, imidazole, pH 8.00, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9956
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→39.15 Å / Num. obs: 74802 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 98.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定
手法
多重同系置換・異常分散
分子置換
Phasing set
ID
1
2
3
4
5
Phasing MIR解像度: 3→45.46 Å / FOM acentric: 0.082 / FOM centric: 0.123 / Reflection acentric: 59264 / Reflection centric: 4417
Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 3→45.46 Å

IDR cullis acentricR cullis centricDer set-IDPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_100100592634414
ISO_21.0841.05520.2570.264172461810
ISO_30.6360.604300171121866
ISO_40.6620.65940.3240.296171481882
ISO_50.6770.6850.4850.456171431878
Phasing MIR der shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Der-IDR cullis acentricR cullis centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
8.3645.46ISO_100002460497
5.968.36ISO_100004694522
4.885.96ISO_100006143567
4.234.88ISO_100007349558
3.794.23ISO_100008438583
3.463.79ISO_100009335574
3.213.46ISO_1000010143562
33.21ISO_1000010701551
8.3645.46ISO_21.1031.0480.4250.3822443459
5.968.36ISO_21.0631.0320.3040.2324693509
4.885.96ISO_21.0811.0760.1470.1326141546
4.234.88ISO_21.0891.0660.0690.0633969296
3.794.23ISO_2000000
3.463.79ISO_2000000
3.213.46ISO_2000000
33.21ISO_2000000
8.3645.46ISO_30.5120.517002445482
5.968.36ISO_30.6360.626004694522
4.885.96ISO_30.6730.672006143567
4.234.88ISO_30.6910.689003830295
3.794.23ISO_3000000
3.463.79ISO_3000000
3.213.46ISO_3000000
33.21ISO_3000000
8.3645.46ISO_40.5310.5970.5280.3982460496
5.968.36ISO_40.6790.6540.3930.3184694522
4.885.96ISO_40.6860.6990.2690.2316143567
4.234.88ISO_40.7110.7260.1630.1423851297
3.794.23ISO_4000000
3.463.79ISO_4000000
3.213.46ISO_4000000
33.21ISO_4000000
8.3645.46ISO_50.620.6650.8250.5722457493
5.968.36ISO_50.6950.6820.480.3734694522
4.885.96ISO_50.6950.6950.1780.146143567
4.234.88ISO_50.7130.7320.0630.0443849296
3.794.23ISO_5000000
3.463.79ISO_5000000
3.213.46ISO_5000000
33.21ISO_5000000
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
8.36-45.460.690.562461500
5.96-8.360.3780.2984694522
4.88-5.960.1650.1336143567
4.23-4.880.0540.0567349558
3.79-4.23008438583
3.46-3.79009335574
3.21-3.460010143562
3-3.210010701551

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
SHARP位相決定
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
直接法位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.85→39.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2925838.78 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2251 3 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 74777 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.1307 Å2 / ksol: 0.325526 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.32 Å20 Å20 Å2
2--16.7 Å20 Å2
3----23.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10624 0 168 130 10922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 321 2.6 %
Rwork0.326 11969 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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