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- PDB-2b94: Structural analysis of P knowlesi homolog of P falciparum PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b94
タイトルStructural analysis of P knowlesi homolog of P falciparum PNP
要素purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / SGPP / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / PNP / UDP / Ontario/Toronto SGC / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / THIOSULFATE
機能・相同性情報
生物種Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Robien, M.A. / Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of P knowlesi homolog of P falciparum PNP
著者: Robien, M.A. / Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
履歴
登録2005年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence of this protein is not available at either SWS or GB sequence database at the ...SEQUENCE The sequence of this protein is not available at either SWS or GB sequence database at the time of processing. This protein is a homolog of Plasmodium falciparum PFE0660c, gi:23613155. The sequence is present in TargetDB as Pkno008421AAA. The sequence cited is based on P knowlesi genomic nucleotide sequence (plasmoDBv4.4: ORF id as of 10/12/2005: Pk_6f05p1c). The N-terminus residues -25-0 are cloning artifacts.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1343
ポリマ－29,9091
非ポリマー2242
水2,396133
1
A: purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,80218
ポリマ－179,4576
非ポリマー1,34612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation10_445y-1/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_455x-y-1/3,-y+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)98.377, 98.377, 160.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 purine nucleoside phosphorylase


分子量: 29909.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium thiosulfate, MOPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月27日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→41.1693 Å / Num. all: 24916 / Num. obs: 24916 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 24.193 Å2 / Rsym value: 0.87 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.781 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1SQ6, 1NW4

1sq6

1nw4


解像度: 1.85→14.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.806 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A patch of density which could not be confidently assigned to components of the crystallization drop or known substrates remains in the ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A patch of density which could not be confidently assigned to components of the crystallization drop or known substrates remains in the final difference maps. This density is bound roughly by residues 19, 20, 85, 86, 87, 88, 158 and 180.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22498 1257 5.1 %RANDOM
Rwork0.18674 ---
all0.18859 23591 --
obs0.18859 23591 96.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1807 0 10 133 1950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.9772504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75133955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3595239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.63224.47867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33415309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.175158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.21682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.04541277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4734492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.82661935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.216696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1378569
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.948 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 141 -
Rwork0.253 2832 -
obs--80.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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