PDB-2b8n: Crystal structure of Glycerate kinase (EC 2.7.1.31) (tm1585) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b8n

タイトル

Crystal structure of Glycerate kinase (EC 2.7.1.31) (tm1585) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.70 A resolution

要素

glycerate kinase, putative

キーワード

TRANSFERASE / tm1585 / Glycerate kinase (EC 2.7.1.31) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerate 2-kinase / glycerate 2-kinase activity / glycerate kinase activity / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a glycerate kinase (TM1585) from Thermotoga maritima at 2.70 A resolution reveals a new fold
著者: Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Krishna, S.S. / Xu, Q. / Miller, M.D. / Canaves, J.M. / Elsliger, M.A. / Floyd, R. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / ...

履歴

登録	2005年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2006年3月28日	ID: 1O0U
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2b8n.ent.gz	128.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b8n_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b8n_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	2b8n_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	2b8n_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b8n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r5b-d 4lo8-1 4wh8-d 4rd8-d 3qu7-d 1tpz-1 6aw7-d 1r5o-d 1slv-d 6y6l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283442

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: glycerate kinase, putative

B: glycerate kinase, putative

93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: glycerate kinase, putative

登録者が定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: glycerate kinase, putative

登録者が定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.954, 85.169, 172.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	5	A	A	4 - 5	16 - 17
2	1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	5	B	B	4 - 5	16 - 17
3	2	1	SER	SER	PHE	PHE	2	A	A	6 - 23	18 - 35
4	2	1	SER	SER	PHE	PHE	2	B	B	6 - 23	18 - 35
5	3	1	GLY	GLY	LYS	LYS	2	A	A	249 - 263	261 - 275
6	3	1	GLY	GLY	LYS	LYS	2	B	B	249 - 263	261 - 275
7	4	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	264	276
8	4	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	264	276
9	5	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	A	A	265 - 340	277 - 352
10	5	1	LYS	LYS	ILE	ILE	2	B	B	265 - 340	277 - 352
11	6	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	341	353
12	6	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	341	353
13	7	1	GLY	GLY	VAL	VAL	2	A	A	342 - 417	354 - 429
14	7	1	GLY	GLY	VAL	VAL	2	B	B	342 - 417	354 - 429
1	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	2	A	A	24 - 37	36 - 49
2	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	2	B	B	24 - 37	36 - 49
3	2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	3	A	A	38	50
4	2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	3	B	B	38	50
5	3	2	ARG	ARG	TRP	TRP	2	A	A	39 - 50	51 - 62
6	3	2	ARG	ARG	TRP	TRP	2	B	B	39 - 50	51 - 62
7	4	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	51	63
8	4	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	51	63
9	5	2	MSE	MSE	GLY	GLY	2	A	A	52 - 61	64 - 73
10	5	2	MSE	MSE	GLY	GLY	2	B	B	52 - 61	64 - 73
11	6	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	62	74
12	6	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	62	74
13	7	2	LYS	LYS	ASN	ASN	2	A	A	63 - 112	75 - 124
14	7	2	LYS	LYS	ASN	ASN	2	B	B	63 - 112	75 - 124
15	8	2	GLU	GLU	ASN	ASN	3	A	A	113 - 114	125 - 126
16	8	2	GLU	GLU	ASN	ASN	3	B	B	113 - 114	125 - 126
17	9	2	ASP	ASP	LEU	LEU	2	A	A	115 - 149	127 - 161
18	9	2	ASP	ASP	LEU	LEU	2	B	B	115 - 149	127 - 161
19	10	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	150	162
20	10	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	150	162
21	11	2	SER	SER	ILE	ILE	2	A	A	151 - 248	163 - 260
22	11	2	SER	SER	ILE	ILE	2	B	B	151 - 248	163 - 260

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	glycerate kinase, putative 分子量: 46476.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: tm1585 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1S1, glycerate 3-kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.38 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 9 詳細: 65% MPD, 0.1M bicine pH 9.0 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.904965, 0.979126

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月7日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.904965	1
2	0.979126	1

反射

解像度: 2.52→48.11 Å / Num. obs: 26442 / % possible obs: 75.1 % / 冗長度: 2.89 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.71

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	R_sym value
2.52-2.61	30.2	0.234	2.59	2522	1787	0.234
2.61-2.71	41.3	0.315	2.92	3596	2373
2.71-2.84	50.7	0.315	3.54	5284	3206
2.84-2.99	66.4	0.315	4.06	6862	3934
2.99-3.17	90.9	0.315	4.92	9184	5231
3.17-3.42	94.2	0.315	6.27	9976	5762
3.42-3.76	94.4	0.315	8.4	9587	5548
3.76-4.3	94.6	0.315	9.99	9720	5624
4.3-5.4	94.8	0.315	12.06	9681	5625
5.4-48.11	93.2	0.315	12.96	9975	5685

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
XDS		データ削減
SHELX		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.53→48.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 19.801 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.762 / ESU R Free: 0.334
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NOMINAL RESOLUTION IS 2.70 A WITH 2890 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 2.70-2.53 (52.8% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1314	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
all	0.185	-	-	-
obs	0.1848	25084	84.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.296 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6147	0	0	97	6244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.991	8424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.821	3	13856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.936	25.312	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.219	15	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.343	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	5752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.316	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.18	3	4237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.379	3	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.834	5	6562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.828	8	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.613	11	1862

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1095	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	1519	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
1	38	LOOSE POSITIONAL	0.82	5
1	1095	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
1	1519	MEDIUM THERMAL	0.61	2
1	38	LOOSE THERMAL	2.14	10
2	1324	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1959	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	61	LOOSE POSITIONAL	1.45	5
2	1324	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
2	1959	MEDIUM THERMAL	0.59	2
2	61	LOOSE THERMAL	2.25	10

LS精密化シェル

解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	51	-
R_work	0.24	1055	-
obs	-	-	48.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6119	0.5724	-0.48	2.1002	-0.1701	2.3007	0.192	-0.0477	0.1955	0.0194	-0.1512	0.4779	-0.2273	-0.1552	-0.0408	-0.1248	0.0255	-0.0156	-0.1074	-0.0446	-0.0504	55.5162	46.1211	60.8785
2	2.1903	-0.4555	0.9972	1.9848	-0.2886	2.1402	-0.0474	-0.1064	0.0149	0.1227	0.0168	0.0674	0.0715	-0.0276	0.0306	-0.0612	-0.0204	-0.0119	-0.1093	-0.0559	-0.0766	50.326	12.6139	65.5688
3	2.4898	0.1582	0.4123	2.6689	0.1927	2.0905	0.0683	-0.0608	-0.0348	0.0888	-0.0568	-0.3212	0.0883	0.1629	-0.0115	-0.1285	0.0165	-0.029	-0.1116	0.0086	-0.1256	80.8735	39.8836	61.2018
4	2.5503	0.0709	-0.2983	1.7957	1.0133	2.172	-0.1775	-0.0779	-0.0022	0.1114	0.0494	-0.1398	-0.0099	-0.0542	0.1282	-0.0078	-0.0523	-0.0854	-0.0553	-0.0352	0.0173	85.4619	73.1141	67.5128

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	4 - 23	16 - 35
2	1	A	A	249 - 417	261 - 429
3	2	A	A	24 - 248	36 - 260
4	3	B	B	4 - 23	16 - 35
5	3	B	B	249 - 417	261 - 429
6	4	B	B	24 - 248	36 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)