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万見
- PDB-2b7q: Crystal structure of quinolinic acid phosphoribosyltransferase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b7q
タイトルCrystal structure of quinolinic acid phosphoribosyltransferase from Helicobacter pylori with nicotinate mononucleotide
要素Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / quinolinate phosphoribosyltransferase / quinolinic acid (キノリン酸) / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ)
機能・相同性
機能・相同性情報


quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / NAD biosynthetic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 ...Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINATE MONONUCLEOTIDE / Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Kim, M.K. / Im, Y.J. / Lee, J.H. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of quinolinic acid phosphoribosyltransferase from Helicobacter pylori
著者: Kim, M.K. / Im, Y.J. / Lee, J.H. / Eom, S.H.
履歴
登録2005年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年9月19日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
B: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
C: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5586
ポリマ－92,5523
非ポリマー1,0063
水32418
1
A: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
B: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
C: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子

A: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
B: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
C: Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,11612
ポリマ－185,1046
非ポリマー2,0116
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_553-y,-x,-z-3/21
Buried area32070 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area62580 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)148.855, 148.855, 145.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Quinolinate phosphoribosyltransferase / decarboxylating / QAPRTase


分子量: 30850.717 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O25909, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-NCN / NICOTINATE MONONUCLEOTIDE / NAMN / ニコチンアミドモノヌクレオチド


分子量: 335.204 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14NO9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.8 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES-NaOH, 1.5M Li2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月22日
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→29.95 Å / Num. obs: 24834 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.3→20 Å / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
AUTOMARデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.31→29.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 471356.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2249 10 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.268 ---
obs0.221 22603 90.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.3175 Å2 / ksol: 0.298977 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.85 Å20 Å20 Å2
2---7.85 Å20 Å2
3---15.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6480 0 66 18 6564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 317 10.5 %
Rwork0.285 2695 -
obs--73.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ncn.paramncn.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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