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- PDB-2b7c: Yeast guanine nucleotide exchange factor eEF1Balpha K205A mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b7c
タイトルYeast guanine nucleotide exchange factor eEF1Balpha K205A mutant in complex with eEF1A
要素
  • Elongation factor 1-alpha
  • elongation factor-1 beta
キーワードTRANSLATION / G-protein-GEF complex / eEF1A / eEF1Balpha
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / melatonin binding / regulation of translational termination / HSF1 activation / tRNA export from nucleus / fungal-type vacuole membrane / Protein methylation / actin filament bundle assembly ...Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / melatonin binding / regulation of translational termination / HSF1 activation / tRNA export from nucleus / fungal-type vacuole membrane / Protein methylation / actin filament bundle assembly / negative regulation of protein phosphorylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / cellular response to amino acid starvation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of protein kinase activity / maintenance of translational fidelity / actin filament binding / GDP binding / ribosome binding / cytoskeleton / ribosome / translation / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site / Elongation factor 1 beta central acidic region, eukaryote / : / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 1. / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 2. / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Translation elongation factor EF1B, beta/delta subunit, guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor eEF-1beta-like superfamily / EF-1 guanine nucleotide exchange domain ...Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site / Elongation factor 1 beta central acidic region, eukaryote / : / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 1. / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 2. / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Translation elongation factor EF1B, beta/delta subunit, guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor eEF-1beta-like superfamily / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor 1-alpha / Elongation factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pittman, Y.R. / Valente, L. / Jeppesen, M.G. / Andersen, G.R. / Patel, S. / Kinzy, T.G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Mg2+ and a key lysine modulate exchange activity of eukaryotic translation elongation factor 1B alpha
著者: Pittman, Y.R. / Valente, L. / Jeppesen, M.G. / Andersen, G.R. / Patel, S. / Kinzy, T.G.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Structural basis for nucleotide exchange and competition with tRNA in the yeast elongation factor complex eEF1A:eEF1Balpha
著者: Andersen, G.R. / Pedersen, L. / Valente, L. / Chatterjee, I. / Kinzy, T.G. / Kjeldgaard, M. / Nyborg, J.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of nucleotide exchange intermediates in the eEF1A-eEF1Balpha complex
著者: Andersen, G.R. / Valente, L. / Pedersen, L. / Kinzy, T.G. / Nyborg, J.
履歴
登録2005年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 1-alpha
B: elongation factor-1 beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5252
ポリマ－60,5252
非ポリマー00
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.75, 93.53, 93.30
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit consists of one molecule each of eF1A and eEF1Balpha

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor 1-alpha / EF-1-alpha / Translation elongation factor 1A / Eukaryotic elongation factor 1A / eEF1A / Elongation Factor 1A


分子量: 50110.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02994
#2: タンパク質 elongation factor-1 beta / EF-1-beta / Translation elongation factor 1B alpha / Eukaryotic elongation factor 1Balpha / ...EF-1-beta / Translation elongation factor 1B alpha / Eukaryotic elongation factor 1Balpha / eEF1Balpha / Elongation Factor 1Balpha


分子量: 10414.727 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain / Mutation: K1205A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TEF5 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL211 / 参照: UniProt: P32471
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 12% PEG 2000 MME, 100mM Tris-Cl pH 7.6, 100mM KCl, 3mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月9日 / 詳細: Three-segment Pt-coated toroidal mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal (Si111, Si220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→99 Å / Num. all: 47973 / Num. obs: 47973 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.029
反射 シェル解像度: 1.79→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 69.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD entry 1F60

1f60


解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 922 Random
Rwork0.21 --
all0.211 46406 -
obs0.211 45484 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4065 0 0 536 4601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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