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万見
- PDB-2b4u: Structure of the C252S mutant of Selenomonas ruminantium PTP-like... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4u
タイトルStructure of the C252S mutant of Selenomonas ruminantium PTP-like phytase
要素myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / PTP-like / ionic strength
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like ...Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Selenomonas ruminantium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gruninger, R.J. / Selinger, L.B. / Mosimann, S.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Kinetic and structural analysis of a bacterial protein tyrosine phosphatase-like myo-inositol polyphosphatase.
著者: Puhl, A.A. / Gruninger, R.J. / Greiner, R. / Janzen, T.W. / Mosimann, S.C. / Selinger, L.B.
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
B: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9137
ポリマ－77,4812
非ポリマー4325
水12,935718
1
A: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9744
ポリマ－38,7411
非ポリマー2343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9393
ポリマ－38,7411
非ポリマー1982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.837, 137.187, 79.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase


分子量: 38740.680 Da / 分子数: 2 / 変異: C252S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selenomonas ruminantium (バクテリア)
遺伝子: phyasr_C252S / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7WUJ1, EC: 3.1.3.72
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.464
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2951蒸気拡散法6.51.35 M ammonium sulfate, 0.90 M NaCl, 1 % 1,6 hexandiol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
2952蒸気拡散法6.51.35 M ammonium sulfate, 0.90 M NaCl, 1 % 1,6 hexandiol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)波長
シンクロトロンALS 8.3.111.0206
回転陽極ENRAF-NONIUS FR59121.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2004年7月29日double crystal
Nonius Kappa CCD2CCD2004年7月30日osmic mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2osmic mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.02061
21.54181
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 51554 / Num. obs: 48658 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.07
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 74.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Num. measured obs: 4849 / Χ2: 1.165 / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
XFITデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / σ(F): 85 / 立体化学のターゲット値: CNS defalut
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1117 1.7 %random
Rwork0.197 ---
all-51554 --
obs-48658 79 %-
溶媒の処理Bsol: 50.738 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 19.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.102 Å20 Å2-3.297 Å2
2--2.722 Å20 Å2
3----5.824 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 25 718 5857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.054
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2malonate.parmalonate.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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