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- PDB-2b1x: Crystal structure of naphthalene 1,2-dioxygenase from Rhodococcus sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b1x
タイトルCrystal structure of naphthalene 1,2-dioxygenase from Rhodococcus sp.
要素(naphthalene dioxygenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / RIESKE NON-HEME IRON OXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phenylpropionate catabolic process / dioxygenase activity / catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase large subunit NdoB-related protein, N-terminal Rieske domain / Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase large subunit NdoB-related protein, N-terminal Rieske domain / Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase subunit beta / Iron-sulfur protein / Aromatic ring-hydroxylating dioxygenase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gakhar, L. / Malik, Z.A. / Allen, C.C. / Lipscomb, D.A. / Larkin, M.J. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: Structure and Increased Thermostability of Rhodococcus sp. Naphthalene 1,2-Dioxygenase.
著者: Gakhar, L. / Malik, Z.A. / Allen, C.C. / Lipscomb, D.A. / Larkin, M.J. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2005年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: naphthalene dioxygenase large subunit
B: naphthalene dioxygenase small subunit
C: naphthalene dioxygenase large subunit
D: naphthalene dioxygenase small subunit
E: naphthalene dioxygenase large subunit
F: naphthalene dioxygenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,48325
ポリマ－217,2526
非ポリマー2,23119
水20,0331112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34770 Å2
ΔGint-357 kcal/mol
Surface area55520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.744, 144.246, 186.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Naphthalene dioxygenase ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 naphthalene dioxygenase large subunit


分子量: 52580.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: NCIMB12038 / 参照: UniProt: Q9X3R9, naphthalene 1,2-dioxygenase
#2: タンパク質 naphthalene dioxygenase small subunit


分子量: 19836.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: NCIMB12038
参照: UniProt: Q9WVZ0, UniProt: Q7BSK6*PLUS, naphthalene 1,2-dioxygenase

-
非ポリマー , 4種, 1131分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES, PH 7.8, 68% MPD, 40 MG/ML PROTEIN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20.8 Å / Num. all: 147609 / Num. obs: 147609 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2→2.051 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SBC-Collectデータ収集
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NDO

1ndo


解像度: 2→20.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.053 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22431 2984 2 %RANDOM
Rwork0.19058 ---
all0.19127 144987 --
obs0.19127 144987 92.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å20 Å2
2--1.4 Å20 Å2
3----0.21 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.153 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14562 0 119 1112 15793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02115043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.95120437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64251818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.22170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.26928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.59069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.303214607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20735974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4484.55824
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.265 159
Rwork0.255 9119
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.158-0.12270.21220.3842-0.38280.8818-0.03880.06010.0877-0.0076-0.0998-0.1271-0.08950.18690.13860.1011-0.0285-0.00390.09810.08920.161437.15515.99855.789
20.1933-0.1708-0.28780.4538-0.2360.9375-0.0040.04780.11970.12480.01880.0002-0.2693-0.0604-0.01480.19960.0494-0.03190.0170.0190.159814.2826.75874.153
30.14490.1884-0.16460.4225-0.31510.4979-0.0460.08970.0219-0.14910.11640.06990.1433-0.2296-0.07040.1266-0.0747-0.04850.17470.04730.0783-1.729-11.31656.396
40.17350.07070.02520.6094-0.09070.6308-0.01930.01310.08840.05230.0790.0907-0.0898-0.2403-0.05970.05540.05580.01080.15240.04790.1231-4.6948.25980.572
50.3204-0.13250.11160.187-0.19860.5379-0.03560.0170.0543-0.0267-0.009-0.05880.02410.05920.04460.07620.0052-0.00620.02640.0090.059931.548-16.5589.873
60.4146-0.1950.08010.7609-0.29890.5973-0.0828-0.02280.09470.13510.0504-0.0429-0.2145-0.08730.03240.16010.042-0.03020.0371-0.0220.068217.61610.73195.977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 4411 - 441
2X-RAY DIFFRACTION2BB513 - 6796 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 4411 - 441
4X-RAY DIFFRACTION4DD513 - 6796 - 172
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 4411 - 441
6X-RAY DIFFRACTION6FF513 - 6796 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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