PDB-2b0r: Crystal Structure of Cyclase-Associated Protein from Cryptosporid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b0r

タイトル

Crystal Structure of Cyclase-Associated Protein from Cryptosporidium parvum

要素

possible adenyl cyclase-associated protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION /

structural genomics consortium /

Cryptosporidium parvum / cyclase-associated protein / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoskeleton organization / cell morphogenesis /

actin binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Tempel, W. / Dong, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Alam, Z. / Melone, M. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure and function of a G-actin sequestering protein with a vital role in malaria oocyst development inside the mosquito vector
著者: Hliscs, M. / Sattler, J. / Tempel, W. / Artz, J.D. / Dong, A. / Hui, R. / Matuschewski, K. / Schuler, H.

履歴

登録	2005年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月2日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 350

GENERATING THE BIOMOLECULE THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IS UNKNOWN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b0r.cif.gz	75.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b0r.ent.gz	54.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k8fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m17-7 5nnc-d 3e0b-d 6yjb-d 6y6l-d 2in5-d 6mo2-d 5yqr-d 3m1b-3 2as8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: possible adenyl cyclase-associated protein

B: possible adenyl cyclase-associated protein

45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.258, 58.863, 65.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	5	A	A	35 - 105	35 - 105
2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	5	B	B	35 - 105	35 - 105
3	2	LYS	LYS	ASN	ASN	5	A	A	174 - 187	174 - 187
4	2	LYS	LYS	ASN	ASN	5	B	B	174 - 187	174 - 187
5	3	GLU	GLU	LYS	LYS	3	A	A	188 - 190	188 - 190
6	3	GLU	GLU	LYS	LYS	3	B	B	188 - 190	188 - 190
7	4	GLY	GLY	SER	SER	5	A	A	191 - 198	191 - 198
8	4	GLY	GLY	SER	SER	5	B	B	191 - 198	191 - 198
9	5	VAL	VAL	GLY	GLY	3	A	A	106 - 108	106 - 108
10	5	VAL	VAL	GLY	GLY	3	B	B	106 - 108	106 - 108
11	6	VAL	VAL	LEU	LEU	5	A	A	109 - 164	109 - 164
12	6	VAL	VAL	LEU	LEU	5	B	B	109 - 164	109 - 164

#1: タンパク質	possible adenyl cyclase-associated protein 分子量: 22486.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) プラスミド: p28-LIC-Thrombin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-CodonPlus-RIL / 参照: GenBank: 46227316, UniProt: Q5CS32*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

#1: タンパク質

possible adenyl cyclase-associated protein

分子量: 22486.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
プラスミド: p28-LIC-Thrombin / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-CodonPlus-RIL / 参照:

GenBank: 46227316, UniProt: Q5CS32*PLUS

#2: 化合物

ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION

分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 17% PEG 3350, 0.2M diammonium tartrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.52→50 Å / Num. obs: 15686 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 1.114

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Χ²
2.52-2.56	99.1	3.3	0.538	794	0.896
2.56-2.61	100	3.3	0.484	772	0.948
2.61-2.66	99.5	3.3	0.426	785	0.968
2.66-2.71	99.7	3.3	0.338	795	0.96
2.71-2.77	99.9	3.3	0.281	781	0.942
2.77-2.84	99.5	3.3	0.243	784	0.979
2.84-2.91	99.9	3.3	0.186	782	0.973
2.91-2.99	99.9	3.3	0.151	796	1.057
2.99-3.08	100	3.3	0.124	808	1.086
3.08-3.17	100	3.3	0.098	769	1.132
3.17-3.29	99.9	3.3	0.075	800	1.167
3.29-3.42	100	3.3	0.062	789	1.195
3.42-3.58	99.6	3.3	0.052	790	1.257
3.58-3.76	78.6	3	0.054	622	1.502
3.76-4	100	3.3	0.042	788	1.241
4-4.31	100	3.3	0.039	789	1.303
4.31-4.74	99.8	3.3	0.033	817	1.317
4.74-5.43	99.6	3.3	0.031	798	1.267
5.43-6.83	99.5	3.3	0.028	803	1.08
6.83-50	98	3.1	0.021	824	1.101

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1K8F

1k8f

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.208 / SU B: 10.301 / SU ML: 0.22 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.301

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2669	742	5.214 %	Thin shells
R_work	0.216	-	-	-
all	0.219	-	-	-
obs	-	14232	98.594 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.433 Å²	0 Å²	0.943 Å²
2-	-	0.866 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.489 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2432	0	1	0	2433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.962	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.708	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.907	26.907	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.857	15	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.874	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.391	2	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.777	3	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.73	2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.955	3	719

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	Rms	タイプ	Weight
24	0.055	TIGHT POSITIONAL	0.05
596	0.224	MEDIUM POSITIONAL	0.5
519	0.464	LOOSE POSITIONAL	5
24	0.693	TIGHT THERMAL	0.5
596	1.698	MEDIUM THERMAL	2
519	4.044	LOOSE THERMAL	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.666	0.369	53	0.33	986	1043	99.616
2.666-2.738	0.368	53	0.293	948	1003	99.801
2.738-2.816	0.331	53	0.262	956	1013	99.605
2.816-2.901	0.374	53	0.274	897	950	100
2.901-2.994	0.31	53	0.254	894	949	99.789
2.994-3.096	0.301	53	0.253	845	898	100
3.096-3.21	0.334	53	0.258	815	869	99.885
3.21-3.338	0.322	53	0.262	785	838	100
3.338-3.482		0	0.233	813	815	99.755
3.482-3.646	0.247	53	0.223	552	775	78.065
3.646-3.836	0.218	53	0.214	696	752	99.601
3.836-4.06		0	0.192	689	689	100
4.06-4.327	0.269	53	0.184	610	663	100
4.327-4.656	0.193	53	0.168	583	637	99.843
4.656-5.073		0	0.158	572	575	99.478
5.073-5.627	0.22	53	0.179	472	526	99.81
5.627-6.413		0	0.207	468	471	99.363
6.413-7.66		0	0.212	404	405	99.753
7.66-10.116	0.286	53	0.196	280	334	99.701
10.116-20		0	0.24	225	230	97.826

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関連情報:EMDBヘッダ

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