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- PDB-2b0j: The crystal structure of the apoenzyme of the iron-sulfur-cluster... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b0j
タイトルThe crystal structure of the apoenzyme of the iron-sulfur-cluster-free hydrogenase (Hmd)
要素5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / one-carbon metabolic process
類似検索 - 分子機能
5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / Hmd, C-terminal helical subdomain / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / Hmd, C-terminal helical subdomain / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Pilak, O. / Mamat, B. / Vogt, S. / Hagemeier, C.H. / Thauer, R.K. / Shima, S. / Vonrhein, C. / Warkentin, E. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the Apoenzyme of the Iron-Sulphur Cluster-free Hydrogenase
著者: Pilak, O. / Mamat, B. / Vogt, S. / Hagemeier, C.H. / Thauer, R.K. / Shima, S. / Vonrhein, C. / Warkentin, E. / Ermler, U.
履歴
登録2005年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7391
ポリマ－38,7391
非ポリマー00
水3,945219
1
A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase

A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4782
ポリマ－77,4782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.47, 59.88, 68.49
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, -y, z

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要素

#1: タンパク質 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / H2-forming N5 / N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / N5 / N10- ...H2-forming N5 / N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / N5 / N10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / H2-dependent methylene-H4 MPT dehydrogenase


分子量: 38739.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSMZ2661 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)(pLysS)
参照: UniProt: Q58194, 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes/NaOH, 2-propanol, PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97858 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月24日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. all: 38541 / Num. obs: 38541 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2820 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: structure of Hmd from Methanopyrus kandleri

解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.243 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21679 1933 5 %RANDOM
Rwork0.19146 ---
all0.193 38541 --
obs-36576 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 0 219 2812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9913611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0595343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.71625.57995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.20615480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.446157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21887
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.51766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41122794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5583989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9954.5817
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 154 -
Rwork0.248 2666 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.5705 Å / Origin y: 11.7436 Å / Origin z: 18.9196 Å
111213212223313233
T-0.0381 Å2-0.0008 Å20.0174 Å2--0.0687 Å20.0217 Å2---0.0994 Å2
L2.6228 °21.3533 °20.244 °2-1.2987 °20.2149 °2--0.3862 °2
S-0.0968 Å °0.3355 Å °0.1133 Å °-0.1099 Å °0.1277 Å °-0.0481 Å °-0.0749 Å °0.0692 Å °-0.031 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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