PDB-2b0a: Crystal structure of protein MJ0783 from Methanococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b0a

タイトル

Crystal structure of protein MJ0783 from Methanococcus jannaschii

要素

Hypothetical protein MJ0783

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

arylformamidase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Protein Mj0783 from Methanococcus Jannaschii
著者: Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Almo, S.C.

履歴

登録	2005年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年2月3日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b0a.cif.gz	52.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b0a.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b0a_validation.pdf.gz	418.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b0a_full_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示
XML形式データ	2b0a_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	2b0a_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/2b0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rsq-10 2riw-d 2xn6-d 4au4-4 3lth-d 7dfq-d 2rgj-d 1j39-d 6wg9-1 4ro9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-T1168

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein MJ0783

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein MJ0783

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.942, 73.156, 46.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-249- HOH
2	1	A-281- HOH
3	1	A-286- HOH

詳細

The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1, y, -z+1

#1: タンパク質	Hypothetical protein MJ0783 分子量: 21122.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0783 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58193
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hypothetical protein MJ0783

分子量: 21122.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0783 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58193

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 550, 100 mM Tris-HCl, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 87 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.29 / 波長: 0.989 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTAM Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月2日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.29	1
2	0.989	1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 34059 / Num. obs: 34059 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.1

反射シェル

解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.35 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.45→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.359 / SU ML: 0.053 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21823	1052	3.2 %	RANDOM
R_work	0.18505	-	-	-
obs	0.18608	32334	98.12 %	-
all	-	32334	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.091 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.02 Å²	0 Å²	-1.74 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1487	0	0	126	1613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.995	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.649	3	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.651	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.945	24.493	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.931	15	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.381	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.3	294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.3	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.5	970
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.131	0.3	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.233	0.3	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.791	2	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.095	2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.131	3	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.172	2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.784	3	564
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.448→1.486 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	77	-
R_work	0.252	2335	-
obs	-	-	95.87 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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