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- PDB-2ayy: Solution structure of the E.coli RcsC C-terminus (residues 700-81... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ayy
タイトルSolution structure of the E.coli RcsC C-terminus (residues 700-816) containing linker region
要素Sensor kinase protein rcsC
キーワードTRANSFERASE / NEW DOMAIN / ALPHA/BETA LAYER
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-aspartic acid phosphorylation / peptidyl-histidine phosphorylation / plasma membrane => GO:0005886 / protein histidine kinase activity / single-species biofilm formation / cellular response to osmotic stress / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity ...peptidyl-aspartic acid phosphorylation / peptidyl-histidine phosphorylation / plasma membrane => GO:0005886 / protein histidine kinase activity / single-species biofilm formation / cellular response to osmotic stress / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / protein autophosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10970 / Signal transduction histidine kinase RcsC, alpha-beta loop, C-terminal / Sensor histidine kinase RcsC / RcsC, C-terminal domain superfamily / RcsC Alpha-Beta-Loop (ABL) / ABL domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...Rossmann fold - #10970 / Signal transduction histidine kinase RcsC, alpha-beta loop, C-terminal / Sensor histidine kinase RcsC / RcsC, C-terminal domain superfamily / RcsC Alpha-Beta-Loop (ABL) / ABL domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor histidine kinase RcsC / Sensor histidine kinase RcsC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / Energy minimization
データ登録者Rogov, V.V. / Rogova, N.Y. / Bernhard, F. / Koglin, A. / Lohr, F. / Dotsch, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A New Structural Domain in the Escherichia coli RcsC Hybrid Sensor Kinase Connects Histidine Kinase and Phosphoreceiver Domains
著者: Rogov, V.V. / Rogova, N.Y. / Bernhard, F. / Koglin, A. / Lohr, F. / Dotsch, V.
履歴
登録2005年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor kinase protein rcsC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2141
ポリマ－13,2141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy and fewest violation

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要素

#1: タンパク質 Sensor kinase protein rcsC / Capsular synthesis regulator component C


分子量: 13214.005 Da / 分子数: 1 / 断片: U-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RCSC / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: P14376, UniProt: P0DMC5*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The 3D_13C-Separated_NOESY was recorded in three modifications

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM RcsC-U U-15N; 33mM Tris-HCl; 125mM NaCl; 1mM TCEP; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21mM C-RcsC U-15N, 13C; 33mM Tris-HCl; 125mM NaCl; 1mM TCEP; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKERcollection
XwinNMR2.6BRUKER解析
AURELIA2.7.5BRUKERデータ解析
Sparky3.111Goddard and Knellerデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: Energy minimization / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy and fewest violation
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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