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万見
- PDB-2ayu: The structure of nucleosome assembly protein suggests a mechanism... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ayu
タイトルThe structure of nucleosome assembly protein suggests a mechanism for histone binding and shuttling
要素Nucleosome assembly protein
キーワードCHAPERONE / Nucleosome assembly protein 1 (NAP1) / Histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell division site after cytokinesis / cellular bud neck septin collar / Gin4 complex / budding cell bud growth / septin ring assembly / septum digestion after cytokinesis / NLS-bearing protein import into nucleus / nucleosome disassembly / cell division site / positive regulation of microtubule polymerization ...protein localization to cell division site after cytokinesis / cellular bud neck septin collar / Gin4 complex / budding cell bud growth / septin ring assembly / septum digestion after cytokinesis / NLS-bearing protein import into nucleus / nucleosome disassembly / cell division site / positive regulation of microtubule polymerization / cyclin binding / enzyme activator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / unfolded protein binding / nucleosome assembly / ribosomal small subunit biogenesis / histone binding / chromatin binding / chromatin / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP)
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleosome assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Park, Y.J. / Luger, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: The structure of nucleosome assembly protein 1.
著者: Park, Y.J. / Luger, K.
履歴
登録2005年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9301
ポリマ－47,9301
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleosome assembly protein

A: Nucleosome assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8612
ポリマ－95,8612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area8130 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.7, 86.7, 176.1
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Nucleosome assembly protein


分子量: 47930.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NAP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P25293
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: mono-ammonium dihydrogen phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.111.1
シンクロトロンALS 5.0.120.9796, 0.9795, 0.9642
検出器
ID検出器
1CCD
2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.97961
30.97951
40.96421
反射解像度: 3→50 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.25 / σ(F): 0 / σ(I): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2323 0 0 0 2323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.08892
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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