PDB-2aye: Crystal structure of the unliganded E2 DNA Binding Domain from HPV6a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aye

タイトル

Crystal structure of the unliganded E2 DNA Binding Domain from HPV6a

要素

Regulatory protein E2

キーワード

TRANSCRIPTION / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 6a (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hooley, E. / Brady, R.L. / Gaston, K.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: The recognition of local DNA conformation by the human papillomavirus type 6 E2 protein.
著者: Hooley, E. / Fairweather, V. / Clarke, A.R. / Gaston, K. / Brady, R.L.

履歴

登録	2005年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms ...database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aye.cif.gz	124.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aye.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aye_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aye_full_validation.pdf.gz	514.6 KB	表示
XML形式データ	2aye_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	2aye_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/2aye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/2aye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2aybC 2aygC 1r8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l69-d 1cv0-d 1l55-d 1l60-d 102l-d 1l22-d 6ph0-d 6pgz-2 1l84-d 1c67-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein E2

B: Regulatory protein E2

C: Regulatory protein E2

D: Regulatory protein E2

E: Regulatory protein E2

F: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

63.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulatory protein E2

B: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Regulatory protein E2

D: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Regulatory protein E2

F: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Regulatory protein E2

B: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

E: Regulatory protein E2

F: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

C: Regulatory protein E2

D: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.766, 106.886, 74.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	A
5	1	C
6	1	E
7	1	A
8	1	C
9	1	E
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	B
5	2	D
6	2	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	TRP	TRP	A	A	283 - 319	3 - 40
2	1	1	ALA	ALA	TRP	TRP	C	C	283 - 319	3 - 40
3	1	1	ALA	ALA	TRP	TRP	E	E	283 - 319	3 - 40
4	2	1	ALA	ALA	ILE	ILE	A	A	329 - 350	50 - 71
5	2	1	ALA	ALA	ILE	ILE	C	C	329 - 350	50 - 71
6	2	1	ALA	ALA	ILE	ILE	E	E	329 - 350	50 - 71
7	3	1	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	354 - 366	75 - 87
8	3	1	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	354 - 366	75 - 87
9	3	1	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	354 - 366	75 - 87
1	1	2	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	283 - 320	3 - 41
2	1	2	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	283 - 320	3 - 41
3	1	2	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	283 - 320	3 - 41
4	2	2	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	329 - 366	50 - 87
5	2	2	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	329 - 366	50 - 87
6	2	2	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	329 - 366	50 - 87

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

biological assembly is a dimer - chains A and B, chains C and D, chains E and F

#1: タンパク質	Regulatory protein E2 分子量: 10240.854 Da / 分子数: 6 / 断片: C terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 6a (パピローマウイルス) 属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 6 / 遺伝子: E2 / プラスミド: pKK-223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q84294
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulphate, Tris, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.284 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Rh coated collimating mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.284 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→65.65 Å / Num. all: 28323 / Num. obs: 26868 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 2.723 / Net I/σ(I): 37.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. measured obs: 2181 / Χ²: 0.859 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Code 1R8H

1r8h

解像度: 2.3→65.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 12.745 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	1445	5.1 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
all	0.189	26877	-	-
obs	0.23	26868	96.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.285 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	0 Å²	-1.44 Å²
2-	-	-2.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→65.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4320	0	90	148	4558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	4545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.951	1.932	6158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.501	5	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.74	22.311	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.6	15	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.115	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.43	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.252	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.085	1.5	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.737	2	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.453	3	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.409	4.5	1870

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms	タイプ	Weight
1	1	A	621	0.49	LOOSE POSITIONAL	5
1	2	C	621	0.47	LOOSE POSITIONAL	5
1	3	E	621	0.7	LOOSE POSITIONAL	5
1	1	A	621	5.04	LOOSE THERMAL	10
1	2	C	621	3.32	LOOSE THERMAL	10
1	3	E	621	7.23	LOOSE THERMAL	10
2	1	B	639	0.6	LOOSE POSITIONAL	5
2	2	D	639	0.42	LOOSE POSITIONAL	5
2	3	F	639	0.47	LOOSE POSITIONAL	5
2	1	B	639	3.86	LOOSE THERMAL	10
2	2	D	639	5.17	LOOSE THERMAL	10
2	3	F	639	3.14	LOOSE THERMAL	10

LS精密化シェル

解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	86	-
R_work	0.209	1638	-
all	-	1724	-
obs	-	-	80.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7948	-0.0237	0.4877	1.464	-0.1992	1.5831	0.0886	0.0036	-0.0359	0.004	-0.0223	0.0829	0.0305	-0.0259	-0.0663	-0.029	0.0353	-0.04	-0.0643	-0.0225	-0.0853	-23.6572	27.4712	15.1827
2	2.8421	0.5524	1.6221	2.3527	0.5227	2.9633	0.1214	0.1361	-0.1708	-0.1901	-0.0333	-0.138	0.0224	0.2474	-0.0881	-0.074	0.0391	-0.0079	-0.0693	-0.0356	-0.0843	-4.5733	29.8294	22.0402
3	2.3895	-0.5478	0.9517	3.799	-0.4006	2.6108	0.0499	0.073	-0.043	-0.3428	-0.0005	0.1318	0.0512	-0.1833	-0.0495	-0.0855	0.0562	-0.0602	-0.0578	0.0118	-0.0842	-43.5697	42.5281	17.5627
4	1.8196	0.196	0.4873	8.5635	-0.2773	2.2141	0.1186	-0.0707	0.1762	-0.31	-0.0967	-0.3958	-0.4013	0.0898	-0.0219	-0.0633	0.0603	0.0292	-0.1326	0.0409	-0.0429	-35.666	60.7758	16.4221
5	3.666	-1.351	-0.7658	8.5768	2.268	4.0351	-0.1995	-0.0276	0.1975	0.7987	-0.0767	0.3649	0.3012	-0.4141	0.2762	0.0042	-0.032	0.0863	-0.0582	-0.0562	-0.1482	14.3407	54.3275	16.8465
6	2.8342	-0.615	-0.6914	3.463	1.658	2.224	-0.1392	-0.1738	0.1001	0.5018	0.1639	-0.1407	0.4542	0.0118	-0.0247	0.0087	-0.009	-0.0537	-0.0432	-0.0107	-0.1262	26.5874	39.9315	10.1141

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 283 - 366 / Label seq-ID: 3 - 87

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B
3	3	C	C
4	4	D	D
5	5	E	E
6	6	F	F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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