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万見
- PDB-2ayd: Crystal Structure of the C-terminal WRKY domainof AtWRKY1, an SA-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ayd
タイトルCrystal Structure of the C-terminal WRKY domainof AtWRKY1, an SA-induced and partially NPR1-dependent transcription factor
要素WRKY transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / beta strands / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylic acid mediated signaling pathway / response to salicylic acid / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
WRKY domain / WRKY transcription factor, plant / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / WRKY transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Duan, M.R. / Nan, J. / Li, Y. / Su, X.D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: DNA binding mechanism revealed by high resolution crystal structure of Arabidopsis thaliana WRKY1 protein.
著者: Duan, M.R. / Nan, J. / Liang, Y.H. / Mao, P. / Lu, L. / Li, L. / Wei, C. / Lai, L. / Li, Y. / Su, X.D.
履歴
登録2005年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WRKY transcription factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9943
ポリマ－8,8111
非ポリマー1832
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.552, 45.552, 68.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 WRKY transcription factor 1 / WRKY DNA-binding protein 1 / Zinc-dependent activator protein 1 / Transcription factor ZAP1


分子量: 8810.977 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WRKY1 / プラスミド: pET21aDEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9SI37
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: succinic acid, Tris HCl, PEG MME 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
Reflection数: 14751 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.048 / D res high: 1.8 Å / D res low: 29 Å / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
3.882999.710.0611.579
3.083.8810010.0691.442
2.693.0810010.081.243
2.442.6910010.091.088
2.272.4410010.0981.005
2.132.2710010.1080.99
2.032.1310010.120.973
1.942.0310010.1340.833
1.861.9410010.1490.687
1.81.8610010.1770.583
反射解像度: 1.6→29 Å / Num. obs: 11069 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.433
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible obs: 95.5 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Num. measured obs: 1043 / Χ2: 0.499 / % possible all: 95.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 8005
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
4.72-10069.60.619504
3.7-4.7262.50.67502
3.21-3.766.60.698507
2.9-3.2166.20.654501
2.68-2.9610.544512
2.52-2.6870.40.64506
2.39-2.52680.66505
2.28-2.3966.60.649511
2.19-2.2869.90.602507
2.11-2.1964.40.607506
2.04-2.1170.80.587510
1.98-2.0470.80.551513
1.93-1.9879.30.559501
1.88-1.9379.80.216504
1.8-1.8884.40.442916

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MAR345データ収集
OASISV. 2004位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.413 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 530 4.8 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.18 11281 --
obs0.18 11062 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.297 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数619 0 9 99 727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.945868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86531302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.738575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.280.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.280
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5110.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3340.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0511.5379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8872619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4863265
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0144.5249
LS精密化 シェル解像度: 1.605→1.646 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数
Rfree0.339 32
Rwork0.278 721
all-753
obs-721

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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