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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2axj | ||||||
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タイトル | Crystal structures of T cell receptor beta chains related to rheumatoid arthritis | ||||||
![]() | SF4 T cell receptor beta chain | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / TCR | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Van Vranken, S. / Zhao, Y. / Li, Z. / Guo, Y. / Eisele, L. / Li, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of T cell receptor (beta) chains related to rheumatoid arthritis. 著者: Li, H. / Van Vranken, S. / Zhao, Y. / Li, Z. / Guo, Y. / Eisele, L. / Li, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27531.547 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.6-0.7 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 26667 / Num. obs: 25627 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 1.165 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / % possible obs: 77.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured obs: 2012 / Num. unique all: 2012 / Rsym value: 0.614 / Χ2: 0.954 / % possible all: 77.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AXH 解像度: 2.65→41.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2985620 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.659 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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