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- PDB-2ax3: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE CARBOHYDRATE KINASE (TM0922) FROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ax3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE CARBOHYDRATE KINASE (TM0922) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 2.25 A RESOLUTION
要素
  • hypothetical protein TM0922
  • unknown peptide
キーワードTRANSFERASE / PUTATIVE CARBOHYDRATE KINASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H-hydrate epimerase / metabolite repair / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / NADHX epimerase activity / NADPHX epimerase activity / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional NAD(P)H-hydrate repair enzyme Nnr / YjeF N-terminal domain / YjeF C-terminal domain signature 1. / Carbohydrate kinase, predicted, conserved site / YjeF C-terminal domain signature 2. / ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / Carbohydrate kinase / YjeF C-terminal domain profile. / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF-related protein N-terminus ...Bifunctional NAD(P)H-hydrate repair enzyme Nnr / YjeF N-terminal domain / YjeF C-terminal domain signature 1. / Carbohydrate kinase, predicted, conserved site / YjeF C-terminal domain signature 2. / ATP/ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase / Carbohydrate kinase / YjeF C-terminal domain profile. / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional NAD(P)H-hydrate repair enzyme Nnr
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (tm0922) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.27 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TM0922
B: unknown peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9103
ポリマ－55,8182
非ポリマー921
水3,099172
1
A: hypothetical protein TM0922
B: unknown peptide
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)447,28024
ポリマ－446,54316
非ポリマー7378
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area43790 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area126350 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.264, 121.264, 153.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TM0922


分子量: 54902.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm0922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X024
#2: タンパク質・ペプチド unknown peptide


分子量: 915.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Unknown peptide, probably from expression host
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.5
詳細: 1.6M NaCl, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979245, 0.979078, 0.891940
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月28日 / 詳細: double crystal monochromator
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9792451
20.9790781
30.891941
反射解像度: 2.26→28.89 Å / Num. obs: 27157 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.26-2.381006.40.661.239020.66
2.38-2.531007.30.5611.336980.561
2.53-2.71007.10.4341.734800.434
2.7-2.921007.30.2862.632570.286
2.92-3.21007.20.1664.530150.166
3.2-3.5710070.0927.827300.092
3.57-4.1399.96.80.06510.424190.065
4.13-5.0510070.05212.520790.052
5.05-7.151006.60.0541216420.054
7.15-28.8998.56.10.03716.49350.037

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.27→28.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 11.459 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.198
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A SMALL PEPTIDE IS BOUND WHICH CO-PURIFIED WITH TM0922. THE PEPTIDE IS LIKELY FROM THE E. COLI EXPRESSION HOST AND IS OF UNKNOWN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A SMALL PEPTIDE IS BOUND WHICH CO-PURIFIED WITH TM0922. THE PEPTIDE IS LIKELY FROM THE E. COLI EXPRESSION HOST AND IS OF UNKNOWN SEQUENCE. IT HAS BEEN MODELED AS A 8 RESIDUE PEPTIDE. RESIDUES 3-6 HAVE THE BEST DENSITY. BASED ON DENSITY RESIDUES 3,5 AND 6 WERE ASSIGNED AS TRP, PHE AND HIS. RESIDUE 4 IS LIKELY A CYS OR SER, BUT HAS BEEN MODELED AS UNK ALONG WITH THE REMAINING RESIDUES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1349 5.1 %RANDOM
Rwork0.159 ---
all0.162 ---
obs-25250 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→28.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3682 0 6 172 3860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.9795156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80638294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3745509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9424.388139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5915620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5461517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.23815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22470
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.18332551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.52431042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1253996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9781383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.842111156
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.331 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 101 -
Rwork0.195 1698 -
obs--92.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71930.153-0.2711.37350.90323.3776-0.0568-0.01350.1411-0.07350.09740.0274-0.22550.2062-0.0406-0.1262-0.0066-0.00430.016-0.0324-0.03943.577211.623510.3546
20.8960.5213-0.06660.9593-0.24351.06220.035-0.0695-0.15490.08620.0266-0.17880.02450.1485-0.0616-0.1110.0204-0.0217-0.0949-0.0295-0.066122.974-5.045141.3345
30.48653.48083.690528.274521.191736.0702-0.0611-0.39490.60740.8207-0.19830.97560.6531-1.80060.25940.139-0.03280.05340.3415-0.01710.239534.0929-3.05278.4528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 20911 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2AA210 - 489222 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 81 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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