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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2asy | ||||||
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タイトル | Solution Structure of ydhR protein from Escherichia coli | ||||||
要素 | Protein ydhR precursor | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / dimeric apha+beta barrel / homodimer / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing,torsion angle dynamics, molecular dynamics, refinement in presence of solvent | ||||||
データ登録者 | Revington, M. / Semesi, A. / Yee, A. / Shaw, G.S. / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Solution structure of the Escherichia coli protein ydhR: A putative mono-oxygenase. 著者: Revington, M. / Semesi, A. / Yee, A. / Shaw, G.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2asy.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2asy.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2asy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13883.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ydhR / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P77225, UniProt: P0ACX3*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 450 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: Ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing,torsion angle dynamics, molecular dynamics, refinement in presence of solvent ソフトェア番号: 1 詳細: 3461 NOE distance constraints 200 dihedral angle constraints | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |