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万見
- PDB-2asj: oxoG-modified Preinsertion Binary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2asj
タイトルoxoG-modified Preinsertion Binary Complex
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*(8OG)*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3'
  • DNA polymerase IV
キーワードtransferase/DNA / DNA polymerase / 8-oxoguanine / Y-family / lesion bypass / transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Rechkoblit, O. / Malinina, L. / Cheng, Y. / Kuryavyi, V. / Broyde, S. / Geacintov, N.E. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2006
タイトル: Stepwise Translocation of Dpo4 Polymerase during Error-Free Bypass of an oxoG Lesion
著者: Rechkoblit, O. / Malinina, L. / Cheng, Y. / Kuryavyi, V. / Broyde, S. / Geacintov, N.E. / Patel, D.J.
履歴
登録2005年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*(8OG)*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3'
J: 5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*(8OG)*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3349
ポリマ－101,2146
非ポリマー1203
水2,594144
1
D: 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*(8OG)*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
A: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6875
ポリマ－50,6073
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3'
J: 5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*(8OG)*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6474
ポリマ－50,6073
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.219, 182.958, 52.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*(DDG))-3'


分子量: 4086.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer Strand (dideoxy-terminated at 3'-end)
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*(8OG)*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'


分子量: 5694.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oxoG-modified Template Strand
#3: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 40825.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: dbh, dpo4 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, HEPES-sodium, calcium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2HEPES-sodium11
3calcium acetate11
4H2O11
5PEG 400012
6HEPES-sodium12
7calcium acetate12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.991 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 40452 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ASD

2asd


解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 30.371 / SU ML: 0.347 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.653 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The detwinned data is used for refinement. The twinning fraction is 0.4, detwinning operator is l, -k, h.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31751 1750 5.1 %RANDOM
Rwork0.24557 ---
obs0.24909 32562 88.74 %-
all-36438 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.48 Å20 Å2-1.21 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5478 1052 3 144 6677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3812.1899276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.975680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.87623.636242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.951151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2931548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22770
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2670.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4421.53512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76325518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89933969
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4474.53758
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 110 -
Rwork0.353 1859 -
obs--69.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87540.17971.21711.39160.111.07150.0413-0.0538-0.0787-0.0232-0.0090.0997-0.1402-0.0234-0.0323-0.17140.05540.0577-0.04350.0178-0.16315.438-0.0154.203
20.443-0.18760.98970.4585-0.18222.95230.0316-0.0445-0.14920.00660.0299-0.0224-0.0613-0.0841-0.0615-0.11440.05060.0237-0.06980.0042-0.11332.174144.37728.21
39.81530.15284.62180.18220.61333.8061-0.1368-0.48980.7217-0.7182-0.04170.2474-0.8509-0.47580.17850.5039-0.1765-0.02780.03840.02850.231115.6749.84214.331
43.47051.18643.25611.6781-1.29417.60860.53010.1381-0.40760.5376-0.0834-0.1861.5753-0.2151-0.44680.45140.1539-0.08910.2523-0.15030.2063-4.421134.34615.204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2B1001 - 1341
3X-RAY DIFFRACTION3D801 - 813
4X-RAY DIFFRACTION3E907 - 919
5X-RAY DIFFRACTION3E416
6X-RAY DIFFRACTION4H1801 - 1813
7X-RAY DIFFRACTION4J1907 - 1919
8X-RAY DIFFRACTION4B1415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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