PDB-2aqa: NMR structural analysis of Nop10p from Saccharomyces cerevisiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aqa

タイトル

NMR structural analysis of Nop10p from Saccharomyces cerevisiae

要素

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Nop10p

機能・相同性

機能・相同性情報

snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / rRNA pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex /

telomerase RNA binding /

snoRNA binding / rRNA processing /

核小体 /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Hamma, T. / Reichow, S.L. / Varani, G. / Ferre-D'Amare, A.R.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Cbf5-Nop10 complex is a molecular bracket that organizes box H/ACA RNPs.
著者: Hamma, T. / Reichow, S.L. / Varani, G. / Ferre-D'Amare, A.R.

履歴

登録	2005年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aqa.cif.gz	424.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aqa.ent.gz	363.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2apoC 2aqcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kiu-d 1ezj-d 3klt-2 3klt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

7.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / Nucleolar protein family A member 3 / snoRNP protein NOP10 分子量: 7347.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NOP10 / プラスミド: pET9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLys S / 参照: UniProt: Q6Q547

#1: タンパク質

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / Nucleolar protein family A member 3 / snoRNP protein NOP10

分子量: 7347.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NOP10 / プラスミド: pET9 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLys S / 参照: UniProt: Q6Q547

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY
1	3	3	3D 15N-separated NOESY
1	4	4	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: Dihedral Restraints Derived from Talos Predicitons

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM yNop10p unlabelled; Sodium Acetate, KCl	90% H2O/10% D2O
2	1mM yNop10p unlabelled; Sodium Acetate, KCl	100% D2O
3	1mM yNop10p 15N-labelled; Sodium Acetate, KCl	90% H2O/10% D2O
4	1mM yNop10p 15N,13C-labelled; Sodium Acetate, KCl	90% H2O/10% D2O

試料状態

イオン強度: 50mM; 100mM / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	v. 2.0	Guntert, P.	精密化
NMRPipe	v. 2.3	Delaglio, F.	解析
Sparky	v. 3.110	Goddard, T.D.	データ解析
TALOS	v. 2003.027.13.05	Cornilescu, G.	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 467 restraints, 422 are NOE-derived distance constraints, 45 dihedral angle restraints

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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